devtools的ctrl加r_R 包初学者指南

R 包是由社区开发(developed by the community)的功能(functions)和数据集(data sets)的集合。 它们通过改进现有的基本 R 功能或通过添加新功能来提升 R 的效率。 例如，如果您经常使用数据框，可能您会听说 dplyr 或 data.table 这两个最流行的 R 包。

但是想象一下，您想要对韩文的文本进行一些自然语言处理，从网络中提取天气数据，甚至使用地表能量平衡模型(land surface energy balance models)估算实际蒸散量，R 包都可以帮到您！ 截止最近，R 的官方存储库(CRAN)已经发布的包就接近了 10,000 个，除此以外还有更多通过互联网公开发布的其他 R 包。

如果您刚开始使用 R，今天的文章将介绍 R 软件包的基础知识以及如何使用它们。 您将涵盖以下主题和 11 个常见问题用户问题：R 软件包的基础知识：什么是软件包，为什么要将它们用于您的 R 体验？ 你在哪里可以找到包裹？

安装和使用：如何从 CRAN，CRAN镜像，Bioconductor 或 Github 安装软件包？ 有哪些与 install.packages() 相关的函数以及可用于更新，删除,......包的函数？ 如何使用用户界面安装软件包？ 你如何加载 R 包？ R 中的包和库有什么区别？ 如何同时加载多个包？ 如何卸载 R 包？

文档：除了 DESCRIPTION 文件之外，是否还有其他文档来源以及如何使用它们？

在 R 包之间进行选择：您如何找到适合您的分析的包？

如果您是一位经验丰富的用户，您可以随时学习新内容(例如我在前一段中提到的三个软件包的名称)。 无论如何，欢迎阅读 R 包的介绍以及如何使用它们！

1. 什么是包

让我们从一些定义开始。 包是用于组织您自己工作的一种合适方式(a suitable way)，如果您愿意，也可以与他人分享。 通常，包将包含代码(不仅仅 是 R 代码！)，包及内部函数相关的文档，一些以检查一切是否正常工作的测试(some tests to check everything works as it should)，以及数据集。

DESCRIPTION 文件 提供了有关包的基本信息，您可以在其中找到包的功能，作者是谁，文档所属的版本，日期，使用的许可类型以及包依赖性。

请注意，您也可以单击 此处 查看 DESCRIPTION 文件。

除了查找诸如 cran.r-project.org 或 stat.ethz.ch 之类的 DESCRIPTION 文件之外，您还可以使用命令 packageDescription("package") 通过包帮助文档访问 R 中的描述文件 help(package = "package")，或在线访问存储库(repository)中 R 包。

例如，对于 "stats" 包，这些方法将是：packageDescription("stats")help(package = "stats")

2. 什么是存储库

存储库(repository)是包所在的位置，因此您可以从存储库中安装 R 包。 虽然您或您的组织可能拥有本地存储库，但通常它们是在线并且可供所有人访问的。 R 软件包最受欢迎的三个存储库是：CRAN：官方存储库，它是一个由全球 R 社区维护的 ftp 和 Web 服务器网络。 它是由 R 基金会协调的，对于要在此发布的包，它需要通过几个测试，以确保包遵循 CRAN 策略。 你可以在 这里 找到更多细节。

Bioconductor：这是一个专题库，用于生物信息学的开源软件。 作为 CRAN，它有自己的 提交和审核流程，其社区非常活跃，每年举行多次会议。

Github：虽然这不是 R 特有的，但 github 可能是开源项目中最受欢迎的存储库。 它的受欢迎程度来自于开源的无限空间，与 git 的集成，版本控制软件以及与其他人共享和协作的便利性。 但请注意，没有与之相关的审核流程。

3. 如何安装 R 包

从 CRAN 安装

如何安装软件包取决于它的位置。 因此，对于公开可用的包，这意味着它属于哪个存储库。 最常见的方法是使用 CRAN 存储库，然后只需要包的名称并使用命令 install.packages("package")。

例如，y已经在 CRAN 中发布，并且仍然在线并正在更新的最早的软件包是来自 Daniel Adler 的 vioplot 软件包。

你能找到它的发布日期吗？ 线索：在包装说明中。

要从 CRAN 安装它，您只需要使用：install.packages("vioplot")

运行上面的命令后，您将在屏幕上收到一些消息。 它们将取决于您使用的操作系统，依赖性以及是否成功安装了包。

让我们深入了解一下 vioplot 安装的输出，你可能得到的一些消息是：Installing package into ‘/home/username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3’

(as ‘lib’ is unspecified)

这表示您的计算机上安装了软件包的位置，您可以使用 lib 参数