r语言 siar 代码_从siar包中了解siber.hull.metrics函数(Understanding siber.hull.metrics function from siar packag...

从siar包中了解siber.hull.metrics函数(Understanding siber.hull.metrics function from siar package)

我正在计算一些指标的贝叶斯后验分布(Layman,CA,Arrington,DA,Montana,CG,&Post,DM(2007)Can稳定同位素比率可以提供社区范围的营养结构测量吗?生态学,88,42- 48.)使用分组变量G,因此我希望获得每个G级别的后验分布

我正在使用siar包中的函数siber.hull.metrics函数,

require(siar)

data(geese2demo)

gee

summary(gee)

unique(gee$Group)

# There are 8 groups

me

# I expect 8000 rows, 1000 per group

nrow(me)

siber.hull.metrics

我查看了函数的代码,但仍然不明白对组有什么影响,除了有一个bug:重复修复为10 ^ 4。

I am calculating the bayesian posterior distribution of some metrics (Layman, C.A., Arrington, D.A., Montana, C.G., & Post, D.M. (2007) Can stable isotope ratios provide for community-wide measures of trophic structure? Ecology, 88, 42-48.) with a grouping variable

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要在R利用MODIS数据和像元二分模型计算植被覆盖度,可以按照以下步骤进行: 1. 下载MODIS数据,可以使用MODIS数据下载工具,如MODIS Reprojection Tool (MRT)或MODIS Download Script。下载的数据应该是以HDF格式存储的。 2. 安装并加载raster和MODIS,以便在R进行数据处理和分析。 3. 利用raster的brick()函数将下载的HDF格式数据转换为raster格式,并加载到R。例如: ```R library(raster) library(MODIS) #设置下载路径和文件名 modis_path <- "path/to/modis/data" modis_file <- "MOD13Q1.A2001001.h19v04.006.2015130075102.hdf" #下载MODIS数据 runGdal("MOD13Q1", begin='2001-01-01', end='2001-01-01', tileH='h19v04', outDir=modis_path, outProj='+proj=longlat +datum=WGS84', verbose=T) #将HDF格式文件转换为raster格式 modis_raster <- brick(file.path(modis_path, modis_file)) ``` 4. 对MODIS数据进行预处理,括云掩膜、地表温度计算等。可以使用MODIS函数,如MODIS_process()和MODIS_LST()。例如: ```R #云掩膜 cloud_mask <- MODIS_process(modis_raster, SDSstring='250.0', scale_factor = 0.0001) #计算地表温度 LST <- MODIS_LST(cloud_mask, emissivity = 0.95, method = 'MOD11A2', scale_factor = 0.02) ``` 5. 利用像元二分模型计算植被覆盖度。可以使用像元二分模型的R,如MixSIARSIAR。例如,可以使用MixSIAR的mixsiar()函数进行计算: ```R library(MixSIAR) #将MODIS数据转换为MixSIAR格式 LST_mixsiar <- rasterToMixSIAR(LST) #计算植被覆盖度 veg_cover <- mixsiar(LST_mixsiar) ``` 6. 可以将计算结果可视化,以便更好地理解和分析。可以使用raster的plot()函数或ggplot2的ggplot()函数进行可视化。例如: ```R #使用raster进行可视化 plot(veg_cover) #使用ggplot2进行可视化 library(ggplot2) ggplot(data.frame(veg_cover), aes(x = x, y = y, fill = value)) + geom_raster() + scale_fill_gradient(low = "white", high = "darkgreen") + theme_void() ``` 以上是利用MODIS数据和像元二分模型在R计算植被覆盖度的基本步骤。具体的数据处理和分析步骤可能会因数据类型和分析目的而异。

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