分子模拟相关原理

分子模拟定义及方法

将一定数量的分子输入计算机内进行分子微观结构的测定和宏观性质的计算。按照获得微观态的方法不同，分子模拟可以分为：

1.Monte Carlo蒙特卡罗方法，MC：1.构型平均，不包含动力学部分；2.利用概率行走产生微观态。

2.Molecular Dynamics分子动力学，MD：1.时间平均，产生动力学性质；2.利用运动轨线随时间的变化来产生一系列微观态。

主要依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，以在分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型积分的结果为基础，进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。目的是用少量粒子的长时间平均行为，来试着取代大量粒子的瞬间平均行为。

3.hybrid method混合方法，HM

分子模拟涉及的几个基本概念

1.Simulation box(cell)模拟计算盒子或模拟胞腔：装有一定数目流体分子的研究对象，它是我们要研究的宏观体系的微缩模型。设盒子边长为L,则体积为V=L³,分子的质量为m,则系统的密度为d=Nm/L³，系统的密度=实验室测定的密度。

2.Periodic boundary condition周期边界条件，PBC：

在小体系中，边界效应总是很显著。在模拟中，考虑具有真实边界的对象，不切合实际（增强了有限尺寸效应；人为造成的边界会影响流体的性质）。故需要以下算法：本体系的近似——中心盒子在x,y和z方向上无限扩展，消除人为形成的边界