分子动力学模拟方法-从入门到发文章 之 背景介绍

盆友们，“21世纪的科学已经不再是实验与理论平分秋色，而是实验、模拟、理论三分天下，模拟是联系理论与实验的纽带，在解释实验现象，预测理论结果中起着关键作用，对于研究分子的学科，无论从事哪个领域的研究，理解并实践分子模拟都够增强你对新问题的分析力和洞察力
分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法，能够从原子层面给出体系的微观演变过程，直观的展示实验现象发生的机理与规律，促使我们的研究向着更高效，更经济，更有预见性的方向发展，因此，分子动力学模拟在生物，药学，化学，材料科学的研究中发挥着越来越重要的作用，所以说他是一个非常值得去学习和采纳的一项研究方法。

推荐该方法的理由还有以下三点：

1. 容易掌握，我从0基础用了大概两个月就可以应用到自己的研究；

2. 应用范围广;

3. 方法成熟；

原理？
蛋白质折叠的因素有很多，主要有以下六种作用力：
这些作用力统称为力场，是模拟中使用的蛋白质的势能模型，计算机模拟就是利用力场能量重复求解蛋白质分子和溶剂分子中原子的牛顿运动方程，构象在模拟中就会发生改变，根据热力学定律，系统往往会趋向于其自由能最低的状态，也就是最稳定的状态。
可以解决什么问题？

1.比较野生型与突变体蛋白的蛋白特性；

2.配体-受体结合的机制，我们可以把配体放在受体上面，模拟自然状态下两者的结合；

3.随着脂质力场的发展，我们还可以研究蛋白与膜的作用（脂质力场）；

4.蛋白折叠方面的机制问题，控制温度，使蛋白自行折叠和去折叠；

如何上手？
只需一台电脑，轻松掌握分子模拟，安装双系统，我装的是Ubuntu。作为一个电脑小白，我觉得这个Linux系统除了多了一个终端，其它的和windows没什么差别，可以在网上找安装教程或找同学帮忙，我是看教程安装的，然后再装动力学软件，我比较熟悉的是amber和gromacs，这里对于初学者推荐gromacs ，最后就可以到网上找教程了，用教程中的例子练手，gromacs官网上的教程非常多，步骤也非常详细，而且李继存老师把它所有英文版的教程都翻译成了中文，非常方便。

大家不用担心，后续我会详细介绍这些软件安装使用等方法，该篇推送只是为了向大家介绍一下这个方法的研究背景等。

如何应用到自己的研究中？

首先要明确自己想解决什么问题，不要盲目去做，查文献，看是否有人做过类似的研究，学习和参照前人的经验和分析方法，然后设计自己的实验，就可以开始做了。最后就是将模拟的结果与理论和实验结果吻合，分析结果。
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