差异表达基因变化倍数_材料表面拓扑形貌可调节细胞核形状、染色体定位和基因表达...

丁建东课题组研究发现,特定材料表面的微柱结构能引起细胞核变形,进而影响染色体定位和基因表达。在PLGA微柱阵列上,细胞的18号和19号染色体移动,188个基因上调,255个基因下调,揭示了生物材料设计对细胞生物学响应的重要性。

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以往的生物材料学、化学生物学、细胞生物学与再生医学的交叉学科研究表明,材料表面拓扑结构能够调控细胞行为。最近,丁建东课题组的研究则进一步揭示,特定的材料表面拓扑结构还可以导致细胞核的显著变形、染色体在核内的“领地”移动以及基因表达谱的变化。

结合微电子制造技术制备的模板复旦大学丁建东课题组获得了重要的高分子材料PLGA的微柱阵列,并且发现合适的微柱参数可以导致细胞核的严重变形,而细胞仍然处于存活的状态(图1)。

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图1 PLGA微柱阵列上细胞核变形(A) PLGA微柱阵列SEM图;(B) HeLa细胞在PLGA微柱阵列和光滑表面上细胞核荧光显微照片

丁建东课题组进一步探索了聚合物PLGA微柱阵列上HeLa细胞的核变形是否伴随染色体定位以及基因表达是否发生变化。人类18号和19号染色体由于DNA含量相近而基因密度截然不同,成为染色体定位的研究对象。采用荧光原位杂交技术观察了HeLa细胞18号和19号染色体细胞核定位(图2)。结果表明,HeLa细胞在微柱阵列上18号和19号染色体都向细胞核边缘发生了移动,且18号染色体比19号染色体明显更靠近细胞核边缘。

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miRNA(微小RNA)过表达引起的差异表达基因可以通过生物信息学的方法进行分析。通常这一过程包括miRNA的过表达实验,随后使用高通量测序技术(如RNA测序)来检测基因表达水平的变化。数据分析通常会涉及到以下几个步骤: 1. 数据获取:首先需要从高通量测序实验中获得miRNAmRNA的表达数据。 2. 数据预处理:包括原始数据的清洗、质量控制、序列比对表达量的定量。 3. 差异表达分析:使用统计方法对过表达miRNA处理组对照组之间的基因表达水平进行比较,找出显著差异表达基因。 4. miRNA目标预测:利用生物信息学工具预测miRNA可能调控的靶基因5. 集成分析:将差异表达基因与预测的miRNA靶基因进行对比,识别出可能被miRNA直接调控的差异表达基因。 以下是一个简化的代码示例,用于差异表达基因的筛选(使用Python语言pandas库进行操作): ```python import pandas as pd # 假设df_exp是一个包含基因表达数据的DataFrame,其中包含miRNA过表达组对照组的数据 # 以下代码仅做演示,实际数据分析会更加复杂 # 计算对照组miRNA过表达组之间的表达差异倍数Fold Change) df_exp['log2_fold_change'] = df_exp['miRNA组'] / df_exp['对照组'] df_exp['log2_fold_change'] = df_exp['log2_fold_change'].apply(lambda x: log2(x) if x > 0 else -log2(-x)) # 计算p值以评估差异表达的显著性 # 这里仅做演示,实际中需要使用统计方法如t-test等 df_exp['p_value'] = 0.05 # 假设所有基因的p值都是显著的 # 设置显著性阈值,通常为FC>2, p-value<0.05 significant_threshold = 2 p_value_threshold = 0.05 # 筛选出差异表达基因 df_differential = df_exp[(df_exp['log2_fold_change'] > significant_threshold) | (df_exp['log2_fold_change'] < -significant_threshold) & (df_exp['p_value'] < p_value_threshold)] # 输出差异表达基因的列表 print(df_differential) ``` 请注意,这个代码仅用于展示基本的数据操作逻辑,并不能直接用于真实的数据分析。实际操作中需要专业的生物信息学工具方法,以及对实验设计数据分析的深入了解。
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