matlab氢原子杂化轨道,用matlab实现氢原子的sp杂化轨道可视化

本文介绍如何利用MATLAB实现氢原子sp杂化轨道的可视化。通过建立坐标网格并应用数学公式,作者展示了如何绘制Psi1和Psi2的三维曲面图以及等高线图。代码示例详细解释了每一步操作,但指出MATLAB导出的图形存在清晰度和实时观察的局限性。

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1、用matlab实现氢原子的sp杂化轨道可视化作者:W.C.众所周知,数学软件 matlab 有 许多的应用,其中在量子化学上,其可用于分子或者原子轨道的可视化。一一 公式提要:此处只是简单提一提,方便读 者可以大体上直接阅读懂代 码,如果 读者希望进一步了解相关知识请自行翻阅课本对于 sp 轨道的杂化,我们有如下公式:对于原子的 s,p 轨道书上也都有具体的公式,此处不再详 述。一一 m 程序代码:这里我们以氢原子为例:X = 0:0.1:36.0;Y = 0:0.0175:2*pi;r,theta=meshgrid(X,Y);% 构建一个 X,Y的矩阵用于绘图xigma = r;% 定义西格。

2、玛(虽然为了需要与 r值相等)Psi_1 = 1./2.(1./2).*(1./4./pi)./2.(3./2).*(2-xigma).*exp(-xigma./2)+(3./4./pi).(1./2).*cos(theta)./2./6.(1./2).*xigma.*exp(-xigma./2);% 这是 Psi 1的方程Psi_2 = 1./2.(1./2).*(1./4./pi)./2.(3./2).*(2-xigma).*exp(-xigma./2)-(3./4./pi).(1./2).*cos(theta)./2./6.(1./2).*xigma.*exp(-xigma./2);% 。

3、这是 Psi 2的方程subplot(2,2,1),mesh(r.*cos(theta),r.*sin(theta),Psi_1),title(psi_1)subplot(2,2,3),mesh(r.*cos(theta),r.*sin(theta),Psi_2),title(psi_2)% subplot函数用于构建在一个 Figure中的多个图同时显示,前面的两个参数用于描述总共有 a*b个子图,后面的一个参数描述后面的图形为第几个图,顺序从左到右% mesh为绘制三维曲面图的函数,此处因为参数是 r,cos(theta),故我们让 x=r*cos(theta),y=r*sin(theta。

4、)即可绘图(此法不用在前面做矩阵转换)% title函数为曲面的名称,在图片正上方subplot(2,2,2),contour(r.*cos(theta)./1.0,r.*sin(theta)./1.0,Psi_1,30),title(psi_1 contour)subplot(2,2,4),contour(r.*cos(theta)./1.0,r.*sin(theta)./1.0,Psi_2,30),title(psi_2 contour)% contour为等高线函数,其参数与 meshl类似,最后一个参数 30是让等高线总计有 30条% 我们可以知道波函数的取值应该只与 r/a0的值有关。

5、系,所以我们让 a0=1,则 r值也为 r/a0值,而这步化简操作并不会影响到具体的波函数值一一 不足与分析:1. Matlab 导出的 jpg,png 图形是在函数生成之后的图形 编辑器里面的及时观察图形,甚至会受到运行窗口的拉伸缩放影响。2. 其次,如果不加观察命令直接用手拖 动可能较难实现水平与 竖直方向上的观察。3. 以 jpg,png 导出的图形清晰度 较差。一一 自我推销:苯宝宝这么好,生成的代码使用 MATLAB 的发布功能直接复制下来的,很好看吧;上的文档也直接是 word 大家可以直接复制的,多么方便快扔出你的财富值,把苯宝宝带回家吧当然本人也是大一本科,很多东西也是不太会,希望大家如果有疑问可以与我讨论。。

MOPAC MOPAC是世界上最广泛使用的半经验量程序 MOPAC是世界上最广泛使用的半经验量程序,用于研究气体,溶液和固体的学特性,包括Gibbs自由能,活能,反应路径,偶极矩,非线性光学特性以及红外光谱,等。它还可以用做为结构-特性(或活性)定量的基础,预测生物学及其它特性,包括致癌性,蒸汽压,水溶解性,反应率等。MOPAC中获取专利的MOZYME算法可以使那些在超级计算机上需要几天或者几周的计算,在 PC机上仅需要几分钟。对于包含上千原子的体系,诸如蛋白质,聚合物,半导体和晶体,它们的电子特性计算仅仅需要几分钟或几小时。 此外,MOPAC还包含用于光谱计算的半经验分子轨道程序MOS-F模块(目前版本是5.0)。MOPAC和MOS-F本身并不包含图形用户界面,但可以和CAChe,LinMOPAC,WinMOPAC,HyperChem或CS Chem3D等图形用户界面的程序结合使用。 MOPAC早先作为免费软件发布,最高版本为MOPAC 7.0。此后成为商业软件。目前的版本是MOPAC 2006。 基本功能: 1. 计算方法有:在MOPAC中有:AM1,AM1-d,PM3,MNDO,MNDO-d,MINDO/3;在MOS-F中有:CNDO/2,CNDO/S,CNDO/S2,CNDO/S3,INDO/S。 适用原子: MINDO/3(H,B,C,N,O,F,Si,P,S,Cl); MNDO(1977)(H,Li,Be,B,C,N,O,F,Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,K,Ca,Zn,Ga,Ge,As,Se,Br,Rb,Sr,Cd,In,Sn,Sb,Te,I,Cs,Ba,Hg,Tl,Pb,Bi,S,Cb); AM1(H,Li,Be,B,C,N,O,F,Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,K,Ca,V,Fe,Cu,Zn,Ga,Ge,As,Se,Br,Rb,Sr,Mo,Pd,Ag,Cd,In,Sn,Sb,Te,I,Cs,Ba,Pt,Hg,Tl,Pb,Bi,Si,S,Cb); PM3 (1985)(H,Li,Be,B,C,N,O,F,Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,K,Ca,Ti,Zn,Ga,Ge,As,Se,Br,Rb,Sr,Cd,In,Sn,Sb,Te,I,Cs,Ba,Hg,Tl,Pb,Bi,Cb); PM5(H,Li,Be,B,C,N,O,F,Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,K,Ca,Zn,Ga,Ge,As,Se,Br,Rb,Sr,Cd,In,Sn,Sb,Te,I,Cs,Ba,Hg,Tl,Pb,Bi); mndo_d(Na,Mg,Al,Si,P,S,Cl,Zn,Br,Cd,I,Hg)。 2. 可以进行的计算有:几何优,过渡态结构,激发态结构,线性比例SCF计算(MOZYME方法),反应坐标能量图,生成热(气相或溶液),简正模式振动分析,溶剂特性(气相,水,辛醇等),IR光谱,原子电荷,极率,偶极矩,分子轨道,电子密度,梯度范数,力,能量分配,ESP原子电荷,键序,参量分子静电势,体系间交叉结构,氨基酸片断顺序的结构分析,IRC/DRC。 3. 支持的输入文件格式:MOPAC,MOS-F,Gaussian输入文件(*.gjf),Gaussian fchk文件(*.fch),Cartesian文件(*.car),PDB。 4. XMO工具可以显示分子。 MOS-F 1. 进行半经验分子轨道方法INDO/S,CNDO/S,CNDO/S2,CNDO/S3,CNDO/2等的计算。 2. 单电子激发组态相互作用(CIS)的光谱计算,支持单重激发态和三重激发态。CIS还能计算激发态的电子密度和电偶极矩。 3. 随机相位近似(RPA)的光谱计算。 4. 分子特性计算:含频极率,静态第一超极率,电-光泡克尔效应,产生二次谐波,光学检波,静态第二超极率,包含克尔效应的直流电场,包含二次谐波的直流电场,产生三次谐波,简并四波混频,包含光学检波的直流电场。 5. 用Onsager模型进行SCRF计算,预测溶液中的分子特性:CIS/RPA波函的电子光谱;用CIS波函预测激发态的电子密度和电偶极矩;用CIS波函计算含频极率,第一超极率和第二超极率。 6. 解析的Pariser-Parr, Nishimoto-Mataga, Nishimoto-Mataga-Weiss,Ohno,Ohno-Klopman和DasGupta-Huzinaga公式,用于求解双中心电子排斥积分。 7. 支持的坐标输入格式有Gaussian型Z矩阵和MOPAC内坐标。 8. 到WinMOPAC的输入/输出接口。 9. 对溶质,自动计算空穴半径;通过指定溶剂名称,自动设置介电常数和折射率。 10. 改善SCF收敛的DIIS方法。 11. 转动常数,惯量主轴和偶极矩的夹角。 MOPAC2002 V1.5和WinMOPAC 3.9的新功能: 1. MINDO,AM1,PM3,PM5新增加对13种过渡金属(Sc,Ti,V,Cr,Fe,Co,Ni,Cu,Zr,Mo,Pd,Ag,Pt)的支持。 2. MOS-F模块升级到6.0。可以用AM1,PM3,PM5计算电子光谱,支持更多的元素;考虑溶剂影响;计算极率和超极率;直接SCF方法;快速的直接四指数积分变换方法。 3. 线性标度COSMO方法,能够对大分子进行COSMO计算。 MOPAC2006 1.0新增功能: MOS-F模块:ROHF + CIS计算开壳层分子激发态,QM/MM-CIS/RPA计算生物大分子的激发态,INDO/S新增对Li, F, Mg, Si, P, S, Zn的支持,LAPACK提高了矩阵对角计算的速度。 MOPAC模块:单点、几何优、振动频率和COSMO实现并行,周期边界条件。 操作平台:Unix/Linux/Windows Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序) 【URL】 http://www.cachesoftware.com/mopac/index.shtml 【作者】 CAChe Group, Fujitsu 【用途】 MOPAC is a general-purpose semiempirical quantum mechanics package for the study of chemical properties and reactions in gas, solution or solid-state. MOPAC directly predicts numerous chemical and physical properties such as Gibbs free energies, activation energies, reaction paths, dipole moments, non-linear optical properties and infrared spectra. It is also used as the basis of quantitative structure-property (or activity) relationships (QSAR), to predict a wide variety of biological and other properties such as carcinogenicity, vapor pressure, water solubility, and reaction rates. Macromolecules: very fast, patented, linear-scaling MOZYME optimizes proteins and DNA Materials: d-orbitals, crystals, geometry in electric fields, NLO, 2D/3D periodic boundaries Polymers: band structures, phonon spectra, Young's modulus, tensile strength Dyes: UV spectra prediction, intersystem crossing, excited states in solution Synthesis: thermodynamics, kinetics, transition-states, reaction paths, solvation, catalysis MOPAC includes the semiempirical Hamiltonians MNDO, MINDO/3, AM1, PM3, MNDO-d, and PM5. These methods have been calibrated using experimental data for thermodynamic properties such as heats of formation. AM1-d parameters are available for the following metals: Ti, V, Fe, Cu, Mo, Pd, Ag and Pt.
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