Linux下plink软件使用方法,#软件工具#解密GWAS的利器--Plink 使用解析

GWAS全基因组关联分析，近年来一直为研究的热点，不管是研究复杂疾病或是遗传育种，均有广泛的用途。但是GWAS的数据动辄上千的样本数据，如何对这庞大的数据进行分析？这里我们介绍一个强大的工具--PLINK的使用方法。

1. 数据准备

Plink的输入文件及格式

原始文件：ped和map文件

二进制文件：bed、bim、fam等

拓展的格式：ped文件、tped、tfam等

其中ped文件包含了基因型信息，一个样本一行；map文件包含了ped文件中的位点的信息。ped文件有7列，分别是家族ID、个人ID、父亲ID、母亲ID、性别、表型phenotype(1/2代表case or control)后面是基因型genotypes，基因型必须是成对存在的。性别编码可以使用1、2、other。

map文件默认条件下有4列，类似call snp之后的vcf文件，第一列chr，第二列snp的名字rs#,第三列摩尔根距离，第四列碱基距离，对简单的关联分析来说摩尔根距离可以设成0，但是如果要查找个体间共享的片段摩尔根距离就很重要了。

2. 数据格式转换

plink工具可以将原始的map和ped格式文件转换成二进制文件可以节约存储空间。如下图所示：下图为plink的java图形界面使用方法(后文默认)这里简单说一下，plink命令行使用非常便捷，但是需要记住一些常用参数，linux下直接在命令行输入plink后面跟参数即可。