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RSS订阅原创 【软件使用-MEGA】构建进化树报错
When = 2024年09月13日 下午 01时32分49秒 下午。构建进化树，最低样本数需要3个及以上，只有2个构建进化树就会报此错误。
2024-09-13 18:30:00
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原创 【生信分析常用软件】plink常用功能之提取特定样本、并按指定样本顺序进行基因型数据排序
updata.txt 含oldFID、oldIID、newFID、newIID四列，以空格分割。# updata_sort.txt 含FID、IID两列，以空格分割，将按照该文件顺序排序。# keep.txt 含FID、IID两列，以空格分割。# 分析样本按指定顺序排序。
2024-08-28 21:30:00
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原创 【生信分析常用软件】plink常用功能之翻转正负链(--flip）
1. 基于二进制文件合并，会自动输出不能合并的位点：all-merge.missnp，以输出文件名+“-merge.missnp”，内含不能合并的位点。分型数据二中SNP1：C G 类型，均可以通过链的翻转实现数据合并。当不同数据合并时，如果一个数据使用正链，另外一个数据使用反链，就会导致合并数据出现问题，报错。准备需要翻转位点明细，含一列：SNPID，可直接翻转上一步输出的文件*merge.missnp。方案二：尝试翻转分型，统一链，然后合并。数据合并报错会提示：多等位 3+ alleles。
2024-08-28 21:15:00
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原创 【软件使用-MEGA】报错及解决方法
解决办法：基于plink计算的遗传距离，保留4位小数。报错原因：输入数据保留小数位太多不识别。报错原因：样本名称重复。
2024-08-27 18:45:00
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原创 【其它-高效处理小技巧】如何批量备份263企业邮箱邮件之-如何查看.eml
2. 方法二是：借助第三方客户端软件:如Foxmail、outlook。完成下载软件后，直接右键目标.eml 选择打开方式---选择其中一种，邮件则被正常打开。小结：这样批量备份的邮件，再打开的时候，附件依然正常备份下来可以正常，是不是方便很多。1. 最简单的方法一是，作为附件再发一遍邮件，然后预览，但占邮箱内存；继之前批量备份邮件，如何查看呐？
2024-08-22 19:15:00
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原创 【其它-高效处理小技巧】如何批量备份263企业邮箱邮件
近期由于有人离职，邮箱要注销，之前邮箱内有5000多封沟通邮件，为避免将来找不到沟通过程，所以需要备份。目的：一次性备份所有沟通邮件。
2024-08-21 19:45:00
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原创 【脚本说明撰写markdown】如何基于VScode 撰写使用说明文档，及格式转换.md、.html、.pdf格式
进入vscode后，进入扩展工具（快捷键ctrl+shift+X），搜索markdown，选择markdown All in One并安装安装Markdown Preview Enhanced,是一种主题.打开右边预览,如图,可以直接观察到预览结果,Markdown 还没有办法指定图片的高度与宽度。
2024-08-07 21:45:00
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原创 【Linux】解决windows下文件到linux下文件格式^M的问题之tr命令、sed命令
方法一： sed -i 's/^M/ /g ' 方法二 ： tr -d "^M"1. 删除 -d 2. 替换字符
2024-06-25 21:07:56
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原创 【linux基础awk】如何基于强大的awk打印列、计算
打印符合条件的条数：统计第一列大于0的行有多少个。先读取数据，然后判断大于0，则变量num加1，最后打印符合条件的总数。示例：基于plink计算 杂合度。
2024-06-25 21:02:48
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原创 【linux基础】后台执行命令&，防止中断nohup
前台运行与后台运行：前台运行，就是运行过程一直在屏幕输出。语法：加载一个命令的最后面，表示这个命令放在后台执行。主要参考：linux后台执行命令：&与nohup的用法。用途：加在一个命令的最前面，表示不挂断的运行命令;补充：这样程序在后台运行，但是日志依然在前台；1.终端上不要有大量的log出现，后台运行。防止窗口关闭 / 断网造成运行代码异常。nohup command（命令） &命令可以查看当前有多少在后台运行。目的：1. 提交至后台。需要将日志输出重定向。
2024-06-25 21:00:23
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原创 【基因功能富集2：分析流程】非模式生物怎么注释 clusterProfiler包GO、KEGG
例如：[百度茶树](https://baike.sogou.com/v87233.htm?ch=frombaikevr&fromTitle=%E8%8C%B6%E6%A0%91）官网：https://www.genome.jp/kegg/tables/br08606.html。Ctrl +f : 页面搜索Camellia sinensis。不常见的物种如何进行富集分析？提示：拉丁文名要准确。
2024-06-18 21:30:00
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原创 【计算Nei遗传距离】
而其它的不识别这样的规则，同样用plink转换为vcf时，会有这样的提示。直接用plink转换为VCF，丢失了等位基因分型（REF ALT）（plink编码的规则）
2024-05-31 20:00:00
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原创 【软件使用-MEGA】基于NJ和ML方法构建进化树结果比较
构建进化树有很多可选的算法，其中比较常用的NJ（邻接法），也有基于似然法NL，如下图所示，构建进化树具体方法可以参考我之前写的。特点： 1. 运算较NJ法很耗时，需要等一段时间，特别是样本数比较多时，可能需要3h左右。但邻接法可能只需要2分钟以内。此处基于fa格式文件，耗时约30秒，涉及计算遗传距离等过程。2种方法运算结果，并没有太大的差别。基于NJ方法构建进化树结果。基于ML方法构建进化树结果。
2024-04-12 19:15:00
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原创 【R基础】一组数据计算均值、方差与标准差方法及意义
【R基础】一组数据计算均值、方差与标准差方法及意义均值、方差与标准差是用来描述数据分布情况。
2024-04-10 19:15:00
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原创 【linux基础】bash脚本的学习：定义变量及引用变量、统计目标目录下所有文件行数、列数
4.读取列表变量值：从命令读取变量 如 for state in $(cat file.txt)单个文件可以用 wc -l；多个文件，可以用通配符 / 借助bash脚本。输出到新的文件夹：./1.sh > 1.txt。修改脚本权限：chmod 777 1.sh。以上，可以简化为如下，根据通配符统计。统计并输出指定文件夹下所有文件行数。2.合并变量，有空格/无空格。1.定义变量名，使用引号。
2024-04-09 19:15:00
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原创 [软件使用-Vcftools / Plink ] VCF文件中剔除/提取一个或多个样本，两组方法实现及运算时间比较
比如剔除一个样本--重测序数据可能需要1h;但vcf 转换为 plink可能耗时0.5h，借助plink提取/剔除样本可能就1min左右，可以试一下vcf 转换为 plink 后再执行提取或删除，速度相对比较快。剔除样本 --remove。tips: 运行比较耗时。提取样本 --keep。
2024-04-09 18:45:00
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原创 【软件使用-MEGA】如何基于ML方法构建进化树
特别提示：基于该方法软件提示输入需要是基因型 fa格式文件，故其它格式，如plink需要转换为 fa格式step1: 基于windows输出.mao文件----输出保存即可step2: 准备 fa 格式文件，进行进化树构建---生成 .nwk 文件step1: windows输入.fa文件选择nostep3: 可以直接看见进化树了----导出nwk文件导出NWK。
2024-03-05 21:45:00
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原创 【windows】快速汇总指定文件夹下的所有文件名称到excel
又到了月底疯狂总结本月项目情况的时候了，项目都储存在了指定文件夹下，以项目名称命名，这时候总结起来，一个个粘贴就比较费劲。就想借助windows自带的cmd 命令行，实现统一汇总到指定的excel下。果然强大的搜索功能，让我3分钟学会并解决我的问题。
2023-12-29 19:30:00
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原创 【python编辑器探索】Spyder
Spyder是一个功能强大的科学计算环境，用 Python 原生编写。下载推荐：见之前，如果电脑配置一般，打开Anaconda费劲，建议单独下载Spyder右上角，每行显示一个变量信息，包括变量名称、类型、长度、值。双击对应的变量行，还可以查看变量中的所有数据。右下角，查看数据分析运行结果，也可以输入代码。常用快捷键注释：Ctrl+1F5 ：运行当前 py 文件；Ctrl+Enter快捷键F9 ：运行当前行或者选定区域。Ctrl+D:删除整行Ctrl++ 放大。
2023-11-09 17:47:57
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原创 【plink】使用细节
3. 样本名称含下划线时，vcf转plink容易出错，需要加一个参数--const-fid，可以防止名称不一致，且有利于后期提取样本。如下划线10_2直接拆开变成了FID为 前缀10 IID为 后缀2。2. plink处理基因型数据时，vcf转换为plink数据时，非二态位点，会自动选用主等位基因为A2，A1次等位基因。4. 提取位点 注意LD质控位点，位点名称不能为点，后期无法根据SNPID剔除位点。：如原始chr 30 ，经过plink处理以后会自动转变为30。需要位点重命名，提取就没问题了。
2023-10-20 21:00:00
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原创 【好用的文献阅读翻译软件】知云文献翻译
2. 可以重点翻译生词/翻译一句/一段。知云文献翻译网址：www.ZhiYunWenXian.cn。优点： 1. 可以直接标注重点。点开---默认一步一步下载。下载好啦--打开想看的文献。
2023-10-10 21:45:00
651
原创 【R语言】自定义的函数 function
调用有参数的函数，括号里写明参数值 function(6) new.function(a = 11, b = 5, c = 3)#内置函数的简单示例是 seq()，mean()，max()，sum(x) 和 paste(...) 等。my.function1(1,1,1,1,1,1,1) #使用参数值调用函数（按位置和名称）# 调用没有参数的函数 ，直接用空的括号 new.function()# 示例1： 求1的3次+2的3次+。2. 函数调用方式；
2023-10-08 21:30:00
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原创 【plink】如何把基因型数据ATCG格式转换为012之一 --recodeA
-recodeA ： 一个SNP标记只有1列,纯合转换为02，杂合为1（如TT 替换为0, 0是major;--recodeA : snp的major变为了0, snp的minor变为了2, 杂合变为了1.--recodeAD：一个标记有2列 （TT 替换为00，AA替换为20；命令：将基因型数据转化为012的raw格式。
2023-10-08 21:15:00
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原创 【分析软件GCTA】计算样本间亲缘关系、PCA、GBLUP、fst
是用于评估表型变异中遗传变异所占的比例，即评估遗传力的大小。参考官网有很多，但我更关注以下1. GCTA计算亲缘关系GRM矩阵（kinship矩阵）2. 利用全基因组SNP估计近亲系数3. 群体遗传中，GCTA中做4. 不同性状/表型间（traits）的遗传相关性默认Yang：–make-grm-alg 0近亲系数(coefficient of inbreeding)指的是某一个体从他的祖先得到一对纯合的，等同的基因的概率，即在遗传上是完全相同的基因的概率。
2023-09-26 22:15:00
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原创 【如何根据vcf查找基因组】找到基因组版本及原始数据
基于NCBI查找-------找到对应编号ZJU1.0-----选中三个点-----查看明细。可以看到基因组组装水平、染色体条数、基因组大小、有多少个基因。染色体以NC开头与数字的对应关系-----可直接下载。查看vcf数据“##” 表头最后一行。----进入新的页面。
2023-09-26 21:45:00
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原创 【R语言optparse 包】如何让你的R脚本变简洁、变优雅
2. 1 的基础上，添加浮点参数（” %m.nf ” ，其中m 表示打印的宽度，n 表示小数点后的位数。如果流程比较长，或者是希望借助IT实现网页版分析，仅选择几个参数，普通不会代码的人也可以分析，则建议本文的重点R包--optparse。使得R脚本流程化，每次只需要修改参数即可，简化主流程脚本，与IT衔接，实现网页版小白点点点的分析目的。报错2：参数类型指定不对（错写为默认值）----------改为默认的整数 / 字符等即可。现实中，可能要实现一个分析目的，流程会很长，看起来没有逻辑，又很冗余。
2023-09-25 18:30:00
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原创 【iCIMapping】Bin划分如何理解
1. 划分Bin的结果没有区别，只是最终采用的代表一个bin的标记不同---------最终的bin的数目是一致的-----------------最终的图谱长度也有微小的差异（原来3284--现在3273）；尝试结果：一般比较近，icimapping 划分bin的输入文件并不需要标记的物理位置，但最终划分到一个Bin的标记基本上物理位置很近；包含每个bin中已识别的bin组和已删除标记的汇总信息。标记属于chr9 ---划分为一个BIn-----最终保留了缺失率最小的一个标记/ 可选随机保留。
2023-09-19 19:15:00
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原创 【R语言】绘制PCA之一:基本理论
PCA 变换之后的各个维度被称为主成分，各个维度之间是线 性无关的。为了使变换后的数据各个维度提供的信息量从大到小排列，变换后的数据的各个维度的方差也应该是从大到小排列的。数据经过 PCA 变换 之后方差最大的那个维度被称为第一主成分。多个变量较为复杂---通过数学的方式---线性转换为少数几个变量（保留了原始数据绝大部分重要差异信息。. 群体分层分析和推断进化关系，与phylogenetic tree，structure的结果互相验证。. 检查离群样本，有选择的剔除离群样本（如取样错误、严重污染）。
2023-07-25 21:45:00
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