openslide matlab,LINUX教程：Ubuntu下安装openslide-matlab

《LINUX教程：Ubuntu下安装openslide-matlab》要点：

本文介绍了LINUX教程：Ubuntu下安装openslide-matlab，希望对您有用。如果有疑问，可以联系我们。

跑全扫描图像必要用到openslide这个包,底层是用C语言写的,这里是openslide-python的安装以及详解点击打开链接

解压 用matlab运行openslide_load_library.m这个文件,我出现了这个差错

libopenslide.so.0 not available on the MATLAB path\n

解决方法

起首在终端找到libopenslide.so.0这个文件

locate libopenslide.so.0

于是能获得文件的位置

我的地位是在/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0

假如找不到,直接在linux系统文件夹里搜索也行

然后将openslide_load_library.m中的第45行的

libName = libopenslide.so.0 改成

libName =('/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0');

然后继续运行openslide_load_library.m这个文件,可能又出现类似的差错,怒了,matlab的which()这个语句不咋地,

将下面一行的 which(libName)直接改成

'/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0'

然后继续运行openslide_load_library.m这个文件

openslide.h not available on the MATLAB path这个差错

继续在终端运行

locate openslide.h

这时候应该能发现openslide.h文件在的地位,

同样假如找不到,直接在linux系统文件夹里搜索也行

将第53行openslideHeaderLocation = which('openslide.h');这一句改成

openslideHeaderLocation = ('/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h');

目前安装就已经结束了,但是我呈现了一个问题

我的机器里没有openslide.h这个文件,locate找不到地位,思前想后,可能我在安装openslide-python的时候是用命令安装的,所以找不到这个文件

重新安装openslide-python这个包,下载地址http://openslide.org/download/

下载的是3.4.1,依据readme显示

首先得安装一些需要的库,避免一些不需要的麻烦,无论有用与否

1. sudo apt-get install libopenjpeg-dev libsqlite3-dev

2. sudo apt-get install openslide-tools

3. sudo apt-get install python-openslide

4. sudo apt-get install python3-openslide

cd openslide-3.4.1/

sudo ./configure

To build the library, type from source tree directory:

mkdir build

cd build

cmake ..

make

Binaries are then located in the 'bin' directory.

To install the library, type with root privileges:

make install

make clean

To build the html documentation, you need doxygen to be installed on your system.It will create an "html" directory in TOP_LEVEL/build/doc)

make doc

然后再

cd openslide-3.4.1/

sudo ./configure

提醒缺少No package 'sqlite3' found

安装splite3

sudo apt-get install sqlite sqlite3

然后就ok了,这时候再locate openslide.h就能发现地位了,我的地位是在

/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h

然后变动openslide_load_library.m

将第53行openslideHeaderLocation = which('openslide.h');这一句改成

openslideHeaderLocation = ('/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h');

再运行openslide_load_library.m就OK了

可以测验考试运行openslide_example.m 不报错就可以了,祝好运.

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