openslide安装以及常见命令

junjian Li

已于 2023-10-30 18:58:34 修改

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文章标签： openslide

于 2023-10-29 15:42:05 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_30129009/article/details/134103499

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1. openslide安装

conda install openslide
conda install openslide-python

2. openslide常用命令

读取文件

import openslide
from openslide.deepzoom import DeepZoomGenerator


data_path =  './TCGA-IB-7890-01Z-00-DX1.B71A3F90-DBD9-4010-9152-0DEF1459B93E.svs'
# 
wsi = openslide.open_slide(data_path)

其运行方式类似 python 的文件系统，即建立一个和文件的连接，在对文件进行处理的同时实时的传输数据，而不是将数据直接放入内存中。

图像的原始大小：

[w,h] = wsi.level_dimensions[0]

输出：

113543 76343

图像切块
各参数及其含义，参考官方说明：
class openslide.deepzoom.DeepZoomGenerator(osr, tile_size=a, overlap=1, limit_bounds=False)

osr – slide对象（open_slide读取的对象）
tile_size (int) – 单个图块的宽度和高度。
overlap (int) – 裁剪的图像与图像之间的重叠
limit_bounds (bool) – True 则仅渲染非空的切片的区域

dz = DeepZoomGenerator(wsi, tile_size=256, overlap=0, limit_bounds=False)

只需要上方这一行代码，就实现了切割操作，将原始WSI根据不同分辨率分成多层，并在不同分辨率下切割成多个块;

层数（不同分辨率数）

print('生成的层数:',dz.level_count)

输出：

生成的层数: 18

切割的块数

print('切分成的块数:',dz.tile_count)

输出：

切分成的块数: 177241

每层尺寸大小

print('每层尺寸大小:',dz.level_dimensions)

输出：

每层尺寸大小: ((1, 1), (2, 2), (4, 3), (7, 5), (14, 10), (28, 19), (56, 38), (111, 75), (222, 150), (444, 299), (888, 597), (1775, 1193), (3549, 2386), (7097, 4772), (14193, 9543), (28386, 19086), (56772, 38172), (113543, 76343))

切分后每层的块数

print('切分的每层的块数:',dz.level_tiles)

输出：

切分的每层的块数: ((1, 1), (1, 1), (1, 1), (1, 1), (1, 1), (1, 1), (1, 1), (1, 1), (1, 1), (2, 2), (4, 3), (7, 5), (14, 10), (28, 19), (56, 38), (111, 75), (222, 150), (444, 299))

113543//256=443.52≈444
76343/256 = 298.2≈299