linux用于生物信息,生物信息学中常用的linux系统命令

在生物信息学中，linux系统伸手大家喜欢，整理了一下相关的操作命令(包括命令+选项+参数)，以供参考。

1.touch(创建一个空白文件或者更新已有的文件，还可以用来更新文件的时间)

for example:touch abc.txt (注释：touch .abc.txt 建立隐藏文件)

2.ls(浏览当期目录的内容)

参数 -a 显示所有文件，包括隐藏文件、-l显示文件信息，包括时间，文件大小等

3.cd(进入某一目录)

such as：cd /home/user/python

cd.. 进入上一级目录

4.pwd(查看目录所在的位置)

5.mkdir(新建一个目录，mkdirs可用来递归建立目录)

6.cat(查看文件内容)

7.less(查看比较大的文件)

8.cp(复制文件)

9.mv(移动文件)

for example：mv /home/user/python /home/user/ok

10.rm(删除文件)

11.vi(文件编辑工具 :命令行模式 wq保存退出 q!强制退出不保存)

12.chomd(修改文件权限，其中文件权限可分为rwx)

13.head(查看文件前几行)

14.tail(查看文件的后几行)

15.grep(文本搜索命令)

such as grep -i(忽略字符大小)-v(显示不包含文本的行) “搜索条件” file

16.wc(统计并输出文件的字节数，字数行为 -c字节数 -w单字数 -l行数)

17.sort(文件排序)

18.管道|(前一个文本输出——>后一个输入)

19.重定向>

20.man(查看指定的使用方法)

21.find(指定目录下查找文件)

22.作业管理(&后台符 kill终止指定进程 ps查看任务运行情况)

另外介绍序列比对的工具：

1.建库

make blastdb -in file -dbtype nucl/prot -title -

2.比对

blastall -i file -d file -p blastn -e 10(exp) -b5 -v5