竖线 绘图_科研绘图：好看的“皮囊”千篇一律

眼见为实，如果想要快速了解一个文章的结构和结果，图表承担着不可或缺的地位。数据的可视化也贯穿在数据分析的始终，从原始数据到结果展示。比如，近期我们分享了很多方法有关的帖子，从元分析探讨，爬虫到网络分析，交互作用总览，这些文章中都涉及到图表的报告。而在R里最常用的画图工具包是：base graphics + ggplot2。

1  图的结构(基础的构建)

ggplot2的建构就像俄罗斯套娃，一环套一环。首先构建基础数据集ggplot()，设置对应的美学映射(aesthetic)，将不同的几何对象(geometry)以图层(layer)的方式来粘合构图的。基本操作对于熟悉R的朋友们，一定不陌生；当然刚入门的朋友们也可以在网上找到很多详尽的介绍，文末我们会添加笔者搜罗到的有趣而又有用的帖子(ref 1)。

2  图片设置

2.1  添加参考线

画好了基础图，有时候是不是还想来点辅助线，让结果更直观，比如我们想看1000次抛硬币，正面朝上的概率是不是接近与0.5 (好像有研究发现并不是？)。当可视化原始数据时，我们需要加一个楚河汉界(chance level: y= 0.5 或者x = 0.5)来让原始数据更直观。

对于横线或竖线，分别使用geom_hline(yintercept = )和geom_vline(xintercept = )函数即可。

如果坐标轴是离散型，不能以字符串形式指截距，需要使用which(levels(...))来指定。

2.2  添加线段和箭头 annotate(“segment”)

如果添加了arrow参数，需要提前加载library(grid)包才能调用arrow(  )函数；详情可在R 的console 中输入??grid::arrow 进行查看。示例代码如下(这里的df是ToothGrowth数据)：

当然，annotate ( )函数还有很多有趣的设定，如添加文本，添加阴影区域，具体参数可以参考帮助文件，或文末的示例代码资源 (ref 2)。

2.3  坐标轴设定断层

比如在实验室研究中，我们要比较实验组和控制组反应时(Reaction time， RTs)是否有变化，进行预删选之后，有效的数据RTs >0 。当然我们可以通过坐标轴有关的函数规定标签范围(如ylim(200， 600))。

但是呢，总有一些人，想要让你在加点小提示，比如给坐标轴加个断层(图中的//)，如图1所示：

图1

目前笔者只知道axis.breaks(  ) [plotrix]可以实现此要求。

但是缺点是该函数不和ggplot2兼容！！！

虽然还有些人觉得坐标轴断层是没有意义的，不过既然存在这种需求，对应的还得解决。笔者只想到的是结合annotate(“segment”，…， arrow = arrow(  ))的两次设定可以创造两个小斜杠，但是局限是后期叠加主题设定时，会抹平该变化。在此，诚挚的邀请并欢迎大家分享自己的解决策略！

3  主题设置

人靠衣装，马靠鞍！好的图表，不仅赏心悦目，给文章加分，更重要的是一目了然，是初读者也能对文章的结构形成粗略的了解。构建好看的图，主题选择很重要。

首先，主题函数theme(  ) 常见的几种参数主要有以下几种：

- element_text (  )：可以设定文本有关的内容，包括，标题(title)，次级标题(subtitle)，图片说明(captions)等等；

- element_line (  )：可以调整坐标轴axis lines；

- element_rect (  )：设置矩形区域有关内容；

- element_blank (  )：关闭主题参数的设置；

其次，我们需要熟悉一下主题中常用的主题元素，详见下图(摘自知乎专栏ref 3)

最后，我们开始定制自己需要的主题。根据上图选择你想叠加到图片上的自制主题，比如这里，我们设定的主题如图：

随后，借助开放数据(ToothGrowth)，图2是箱图的直接结果，图3是叠加了我们的定制主题，是不是整体来看图片更清晰了！

图2

图3

除了定制自己偏好的主题，这里要推荐一下theme_apa(  ) [papaja package]。所以如果出现了选择性障碍，直接在画好的图层最后叠加(+ theme_apa(  ))，产出结果也很可人呢。值得一提的是，我们的定制主题与theme_apa(  )一点也不冲突，所以两者可以结合一起用。因为直接设定theme_apa(  )的话，有些小细节还是会忽略的，如文本的加粗。

4  一面多图

有效的办法之一是使用函数grid.arrange(  ) [gridExtra 包]来设定，其逻辑和函数par(mfrow = c(row，col))效果近似。示例代码如下：

5  图片+文字动态化

关于动态图片的制作，此前本公众号推送的使用R画图文章中介绍了plotly这个包。本次笔者将介绍另一个强大的制作动态图片的包： Rchart。

同此前介绍的plotly 相比，Rchart 不能够叠加在ggplot2的图片对象之后直接使用，不过它的优势在于有简洁的绘图语句，并且也能够像ggplot2一样实现图片的定制化，例如使用R自带的mpg数据集画散点图。

有兴趣的朋友可以进一步探索Rchart的用法。

6  一步输出高质量的可发表级别图片的工具ggpubr

毫无疑问，ggpubr是一款画图神器，它的优势主要在于使用较短的代码就能画出可发表级别的图片，此外，它还支持添加显著性符号(*)。具体示例代码如下

注：图中星号代表OJ组和VC组内部比较的显著性 ****： p<0.001

7  一步输出APA格式表格的神器apaTables

笔者前两天无聊闲逛的时候偶然发现了这个包，当时就惊为天人。可以摆脱R-markdown的束缚，一键输出APA 表格，而且还支持给表格编号(如表格1，表格2)，且能直接输出到word文档进行后续修改。最关键的是不用学R-markdown ！一行命令搞定，可以省不少时间。

目前这个包支持回归模型(如下代码)，相关分析和方差分析模型

稍微有点遗憾的是，回归模型只支持最基本的lm对象，而且方差分析模型不支持afex包的输出结果。另外，每次运行命令需要重新新建一个word文档，不能把新建的表格整合到已创建的doc文档中。不过瑕不掩瑜，目测这个包依然会有很多朋友会喜欢，毕竟不用手把手调表格了！

8  Reference

本文作者： 孙  丹  覃恺洋

图文排版：陈  阳

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