计算机辅助药物设计试题,计算机辅助药物设计考试总结1

的真实性与可用性问题。另外还存在受体－配体相互作用的方式问题；设计出来的配体能否进行化学合成问题；药物的体内转运及代谢问题；药物的体内毒副作用问题等。

最后一题：

1.首先通过已知的靶标序列，进行同源模建，得到三维结构，并选择力场评价模型。

基于5个小分子化合物的相关数据，我们还可以做以下工作：

2.五个化合物作为先导化合物，为增加化合物的多样性，可以将一个库中的化合物与计算机合成库中的化合物进行组合，形成衍生库。

3.基于配体的化合物与受体已知结构，可以采用ph4方法，加H、局部电荷、根据表面性质找到活性位点，找到化合物的共同药效团(即一系列特定的化学基团，氢键给体或供体，正点负电疏水基团等)。之后通过药效团模型进行数据库搜索，寻找包含特定药效团的化合物，并进行优化。

4.由于已知受体结构，可以通过分子对接及从头设计的方法来获取先导化合物，分子对接就是受体和药物分子间通过几何匹配和能量匹配而相互识别的过程。确定复合物中两个分子正确的相对位置和取向，对新药的设计异常关键，对接后通过打分将分数较高的一些配体作为先导化合物，先对有关能量、结构进行评估，计算表面能及性质、调整、浏览对接情况的参数变化。