python路径组装编写程序_[Python04] 学习snakemake，三步轻松搭建生信流程!

随着学习的不断深入，分析的数据越来越多。你会发现，日常生信分析不过是调用一些相同的函数或者包分析不同的数据，换汤不换药。

那么，如何把分析过程流程化，让数据像工厂的流水线一样自动被处理？

最简单的法子，就是用shell命令写个for循环。

但是，用shell写流程存在一些问题：

- shell 命令一旦断掉，如何判断中间文件的完整性？

- 下次想要修改流程，重新修改shell 脚本太麻烦！

- 想删掉/保留中间文件，但是代码好复杂？

......

有没有更简捷、少掉头发的办法，把分析的过程“组装”到一起，让电脑“自行”处理数据呢？

那就赶紧用 Snakemake 吧！！！

(Snakemake 翻成中文是“盘蛇”？Σ(っ °Д °;)っ误)

为什么要用 Snakemake ？

Snakemake的优点：

- 支持多线程

- 支持断点运行

- 支持shell命令，还可以和 Python 库结合使用

行，现在我们知道 Snakemake 比 shell 更好用了。

搓手手，那么如何使用 Snakemake 呢？

来试试栗子 ~

0. 安装 snakemake

conda install -c bioconda snakemake -y # -y 表示安装时不询问

1.简单入门，合并两个文件

# 创建两个文本文件</