直系同源基因ks_WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具

超快的基因组序列聚类注释在线工具WebMGA

撰文：周晗 中南大学

审稿：刘永鑫 中科院遗传发育所

(宏)基因组学是测序研究生物功能的新领域。如今测序技术一直在进步，成本也大幅下降，数据在大量增加，但数据分析是非常耗时的，并且(宏)基因组注释涉及广泛的计算工具，这些工具难以轻松掌握。少数可用Web服务器提供的工具也受到许多限制，例如有登录要求、无法大批量分析、等待时间过长、无法配置配件等等。如果你也遇到以上的困扰，那可以试一试今天要介绍的这款工具。

WebMGA是用于(宏)基因组快速分析的Web服务器，包含3个模块20多种常用的工具。访问网址：http://weizhong-lab.ucsd.edu/webMGA/。(图1)

图1. 服务器主页界面

这三个模块分别为：序列聚类、基因预测和功能注释。我们从每个模块中挑选一个工具进行演示。(图2)

图2. 服务器的主要功能和对应的选项

cd-hit是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类来除去冗余的序列。它的引用量近7000次。