python 常用模块 医学图像_Python open jp2医学图像Scipy,glymu

我正在尝试读取和平铺一个jp2图像文件。图像为RGB98176 x 80656像素(这是医学图像数据)。在

当试图用glymur读取图像时,我得到以下错误:glymur.lib.openjp2.OpenJPEGLibraryError: OpenJPEG library error: Prevent buffer overflow (x1: 80656, y1: 98176)

我知道这个形象太大了。我需要的是按平铺读取图像数据,并以其他格式保存到其他地方。在

Glymur允许我使用python读取头,因此例如,代码流是:

^{pr2}$

平铺无效,读取方法无效。在

编辑:

我也尝试了Scipy,它可以读取标题,但同样的,出现的错误是:>>> import scipy.misc

>>> image=scipy.misc.imread('Sl0.jp2')

/home/user/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/PIL/Image.py:2274: DecompressionBombWarning: Image size (7717166080 pixels) exceeds limit of 89478485 pixels, could be decompression bomb DOS attack.

DecompressionBombWarning)

>>> scipy.misc.imwrite('/home/user/Documents/imageCfromjp2.tif',image)

/home/user/

AttributeError: 'module' object has no attribute 'imwrite'

>>> scipy.misc.imsave('/home/user/Documents/imageCfromjp2.tif',image)

/home/user/

File "/home/user/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/scipy/misc/pilutil.py", line 195, in imsave

im = toimage(arr, channel_axis=2)

File "/home/user/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/scipy/misc/pilutil.py", line 287, in toimage

raise ValueError("'arr' does not have a suitable array shape for "

ValueError: 'arr' does not have a suitable array shape for any mode.

>>> image2=image[0:500,0:500]

/home/user/

IndexError: too many indices for array

>>> image2=image[0:500]

/home/user/

ValueError: cannot slice a 0-d array

有没有什么方法可以将图像数据流化到不同类型的容器中,这样索引的数量就不会成为问题,并使我能够处理它?在

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