python遍历结构可以是文件_python3_h2py_hdf5_遍历_查看文件结构

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pandas 的 hdf5 支持函数，好像没办法把 HDF5 文件的结构列出来。

只好使用 h5py，把HDF5文件的结构打印出来。输出的是文本信息

python 3.6, 以下都是用 pip3 install 安装的

h5py 2.10.0 (h5py的文档)

numpy 1.18.2

pandas 1.0.3 (hdf5 的支持, 需要安装 tables)

tables 3.6.1 (PyTables' documentation)

方法1：

#!/usr/bin/python3

# -- coding:utf8 --

fname='myfilename.hdf5'

import h5py

def prt(name):

print(name)

f = h5py.File(fname,'r')

f.visit(prt)

f.close()

方法2:

#!/usr/bin/python3

# -- coding:utf8 --

fname='myfilename.hdf5'

import h5py

import numpy as np

def h5list(f,tab):

print(tab,'Group:',f.name,'len:%d'%len(f))

mysp2=tab[:-1]+ ' |-*'

for vv in f.attrs.keys(): # 打印属性

print(mysp2,end=' ')

print('%s = %s'% (vv,f.attrs[vv]))

mysp=tab[:-1] + ' |-'

for k in f.keys():

d = f[k]

if isinstance(d,h5py.Group):

h5list(d,mysp)

elif isinstance(d,h5py.Dataset):

print(mysp,'Dataset:',d.name,'(size:%d)'%d.size)

mysp1=mysp[:-1]+ ' |-'

print(mysp11,'(dtype=%s)'%d.dtype)

if d.dtype.names is not None:

print(mysp,end=' ')

for vv in d.dtype.names:

print(vv,end=',')

print()

mysp2=mysp1[:-1]+ ' |-*'

for vv in d.attrs.keys(): # 打印属性

print(mysp2,end=' ')

try:

print('%s = %s'% (vv,d.attrs[vv]))

except TypeError as e:

print('%s = %s'% (vv,e))

except:

print('%s = ?? Other ERR'% (vv,))

#print(d[:12]) # 打印12组数据看看

else:

print('??->',d,'Unkown Object!')

f = h5py.File(fname,'r')

h5list(f,'')

f.close()

pandas.HDFStore 的部分笔记

HDFStore 可以保存Series，DataFrame。

保存格式 fixed，不能添加(append)，只能覆盖(重写)

保存格式 table，可以添加(append)，可以覆盖(重写)

HDFStore 打开mode='w'时。会truncate文件，从零开始。

HDFStore 打开mode='a'时。为修改模式。

用put覆盖fixed表(内容不变)，文件也会增大。增大的比table表多。

用put覆盖table表(内容不变)，文件也会增大。增大的比fixed表少。

HDFStore 读出属性(attrs) hdf=pandas.HDFStore('xxx.hdf5','r') 以下任意一款都能用。

aa=hdf.root.group2._v_attrs.MyAttr

aa=hdf.get_node('/group2')._v_attrs.MyAttr

aa=hdf.get_node('/group2')._v_attrs['MyAttr']

HDFStore 写入属性(attrs) hdf=pandas.HDFStore('xxx.hdf5','w') 以下任意一款都能用。

hdf.root.group2._v_attrs.MyAttr='中文文字'

hdf.get_node('/group2')._v_attrs.MyAttr=u'中文文字'

hdf.get_node('/group2')._v_attrs['MyAttr']='english text'

HDFStore 的属性(attrs), 支持保存 list, tuple, class object, str, int

bool 保存到 attrs 中是 Bitfield, h5py读不出.

属性可以加在任意一层GROUP上，也可以加在root('/')上。

属性的读取/写入在pandas-1.0.3，tables-3.6.1 测试过。

pandas.HDFStore 的文档写的很不详细。

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