log4net 不使用配置文件 每天写一个文件_我写了一个简单的进化树可视化/注释工具...

我原本是想给这个工具取个名字叫做Amazing TreeViewer，但我还是无法下定决心，所以他现在叫做TreeTreeTree。翻译成中文，树蜀黍。

写在前面

在很久很久之前，我提到了，在下一篇文章投稿之前，停更。当然，这段时间，我确实还是推送了两三个推文。但没有专门给TBtools的新功能写过一篇推文。于是，今天，推送已经在TBtools中沉睡了有一段时间，却少有人知道或者用上的功能 --- `TreeTreeTree`。提到进化树可视化/注释工具，以我个人的认知，那么现在可能只有两个优秀的工具。一个是ITOLs，一个是ggtree。前者便不过多说明，是一个网页工具。而后者则是你Y叔我大湿兄(公众号：biobabble的运营者)。应是有部分朋友知道我从来就喊你Y叔叫大湿兄，也基本只有我这么喊(我的意思是，不是每个人都能这么喊)。原因有三：

1. 大湿兄是潮汕人，所以在广州，我俩还说得上是老乡。

2. 我与大湿兄本科是一个学校的，从某种意义上来说，确实存在迷之师兄弟的关系。

3. 我不是随便喊喊，而是一直在追赶。

大湿兄的ggtreex目测已经万能，同时甚至他还专门为这个R包整理了一本书，详细见github。ggtree能做的事情太多，这或许是大湿兄的一个追求，那么就是自由。而我往往是另外一个追求，那么是简单。我写代码的开始写的是perl，而我现在依然每天会写一些perl码，虽然都只是单行，不过我依然觉得是不错的操作，因为简单的事情，应该轻而易举地被完成。于是，虽然已经有ITOL和ggtree两个过分优秀的工具，我仍然会有想法自己写一个，主要原因是：

1. 我并不喜欢用网页工具，网络延时喜闻乐见

2. 继续学习R语言，呃....

到底，我还是简单地写一个，也使用在我们近期投稿的一个文章中。希望一切顺利，早日见刊。

稍微看看

回到主题，先摆两三个小图，大体说明下目前可做成的样子

先来一个直的，

从上面的图片，我们可以发现，事实上，这个功能目前支持：

1. 进化树的可视化

1. 1. 叶节点图形注释

   2. 分支背景高亮

   3. 分支线条风格调整

   4. 显示不出来的，可以做一定的分支实时调整。

2. 热图注释

3. 柱形图注释

4. 堆叠柱形图注释

5. 手动事实自定义的结构域特征或基因结构

6. 结构域信息

然后，当然可以掰弯。

打开工具

当然，这个功能已然在TBtools中。但是要使用这个功能必须，准备一个配置文件。是的，我后来才明白，其实复杂的图形，最好是使用配置文件，而不是纯粹的交互式操作，比如Circos。所以，第一步，新建一个文件(事实上，你需要找个地方下载到一个配置文件模板，然后....按照这个模板去替换或修改参数，从而实现可视化)：

从图上可以看出，这个工具的基本要求就是，一个Newick字符串。随后，保存，并使用TBtools对应的功能进行导入并可视化。

在弹出的对话框中，选择刚才保存的文件即可看到可视化的结果。

此时，勾选Auto Refresh选项，以方便后续操作。