我运算的数据在附件中,这组数据在选择“C2: curated gene sets all curated gene set, gene symbols c2.all.v5.2.symbols.gmt”这个功能基因集时,运算结果错误,提示“Java heap space”,详细错误描述如上图;但是运行“KEGG gene sets, gene symbols c2.cp.kegg.v5.2.symbols.gmt”是可以的。曾经尝试过修改Java环境变量,但是未能成功(也可能是修改不方式不对),现在的问题是:数据用另外一台电脑(i6处理器,32G内存)、选择这两个功能基因集均可以运算出来,请问这种情况是 电脑硬件配置所致?还是电脑软件或程序设置引起的?请问如何处理?能通过软件处理吗?
附件中的文件是做GSEA时的表达谱数据、表型数据和芯片注释文件,但都是以“txt”结尾的,麻烦大师稍修改一下(因为原文件无法上传),非常感谢!
(第一次发的贴没有附上数据,现重新发送,请多包涵!)