rda分析怎么做_科学网—如何用R语言vegan包进行RDA/CCA分析 - 刘宏金的博文

library(ggrepel)

library(vegan)

library(ggrepel)

phylum=read.csv("phylum.csv",header = T,row.names = 1)

env=read.csv("env.csv",header = T,row.names = 1)

phylum1=decostand(phylum,method = "hellinger")###对响应变量做hellinger转化

env=log10(env)

rda_analysis

result

result

sp=as.data.frame(result$species[,1:2])*5###提取相应变量坐标,乘以5是使图美观,不影响分析

st=as.data.frame(result$sites[,1:2])####提取样方坐标,如果不想让样点名称显示可以st=as.data.frame(result$sites[,1:2],row.names = F)

yz=as.data.frame(result$biplot[,1:2])###提取解释变量坐标

group=as.data.frame(c(rep("I",10),rep("II",10),rep("III",10)))####创建分组信息

colnames(group)="groups"####将分组列命名为groups

p

size=3.5)+scale_shape_manual(values = c(21:23))+

geom_se

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rda和cca是一种统计方法,用于分析生态数据。在R语言中,我们可以使用vegan进行rda/cca分析。 首先,我们需要安装并加载vegan。可以使用以下代码: ``` install.packages("vegan") library(vegan) ``` 接下来,我们需要准备数据。数据应该是一个数据框,其中行表示样本,列表示物种或环境因子。如果有环境因子的信息,我们还需要将其编码为一个分类变量。 然后,我们使用rda函数来进行rda分析rda函数接受两个参数:一个生态数据的数据框和一个可选的环境因子的数据框。以下是一个使用rda函数的例子: ``` result <- rda(data, factors) ``` 其中,data是一个数据框,含生态数据,factors是一个可选的环境因子的数据框。 使用cca函数进行cca分析的过程与rda类似。以下是一个使用cca函数的例子: ``` result <- cca(data, factors) ``` 分析结果将保存在result对象中。我们可以使用summary函数来查看结果的摘要统计信息。例如: ``` summary(result) ``` 我们还可以使用plot函数来可视化分析结果。可以绘制生态数据的排序图、环境因子的约束关系图等。例如: ``` plot(result, type="biplot") ``` 通过添加相关性箭头,biplot函数可以将物种和环境因子的排序图绘制在同一张图上。 以上是使用rda和cca进行分析的基本步骤。根据具体的分析需求,我们还可以对结果进行更深入的统计和图形分析
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