library(ggrepel)
library(vegan)
library(ggrepel)
phylum=read.csv("phylum.csv",header = T,row.names = 1)
env=read.csv("env.csv",header = T,row.names = 1)
phylum1=decostand(phylum,method = "hellinger")###对响应变量做hellinger转化
env=log10(env)
rda_analysis
result
result
sp=as.data.frame(result$species[,1:2])*5###提取相应变量坐标,乘以5是使图美观,不影响分析
st=as.data.frame(result$sites[,1:2])####提取样方坐标,如果不想让样点名称显示可以st=as.data.frame(result$sites[,1:2],row.names = F)
yz=as.data.frame(result$biplot[,1:2])###提取解释变量坐标
group=as.data.frame(c(rep("I",10),rep("II",10),rep("III",10)))####创建分组信息
colnames(group)="groups"####将分组列命名为groups
p
size=3.5)+scale_shape_manual(values = c(21:23))+
geom_se