matlab fdt,fsl中fdt操作指导

1. 经过mriconvert转换之后，得到每个被试的4D数据，b值以及向量

2. fslroi data nodif 0 1

%choose a no weighted imaging,named nodif

从4D图像中选出一张需要的图像,0表示选择从第几个volume开始，1表示选择图像的个数

3. bet nodif nodif_brain -m -f 0.2

%generate binary brain mask(-m),fractional intensity threshold is 0.2(-f),result in the file nodif_brain_mask

去除头盖骨

4. eddy_correct data eddy_unwarped 0

%eddy_correct <4dinput><4doutput>[]

Choose interp from {trilinear,spline} def - trilinear

%时间大概是10分钟

5. Dtifit

使用ctrl+alt+t调出终端，输入fsl，选择fdt*下的dtifit，在option中手动加入对应文件，包括data的输入、输出，b值文件，梯度方向(矢量)文件，共4个。运行完成后，就可以得到FA图，MD图等

------------------------------以上为预处理过程，一个人一个人的进行--------------------- --------------------%that processing is going in one subject separately----------------

6. 打开生成的FA文件