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RSS订阅原创 ImportError: libcublas.so.10.0: cannot open shared object file: No such file or directory
ImportError: libcublas.so.10.0:
2022-09-09 15:20:29
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原创 Visual Studio code run matlab code
Visual Studio code是最好用的写代码的软件！把这句话打在公屏上。简单介绍一下自己常用的工作方式：服务器Linux->matlab。写Matlab的人最喜欢用图形界面，毕竟傻瓜式debug，真的香。但是要想远程连接上服务器的Matlab的图形界面，往往比较卡。我的理解是，需要远程传的东西太复杂了，所以变卡了。这个时候，我了解到Visual Studio code可以边写代码边run，调试就是看不到图片，其它的error information跟图形界面一样。我觉得这个方法可
2022-04-18 20:37:36
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原创 TF2.0无法使用tf.contrib.layers.l2_regularizer（）的解决办法
问题：TensorFlow >= 2.4 取消了contrib库，但是我们需要使用tf.contrib.layers.l2_regularizer（）解决办法：简单快速：tf.keras.regularizers.l2() 代替原本的tf.contrib.layers.l2_regularizer（）
2022-03-21 18:03:57
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原创 Matlab函数contourf
contourf是Matlab中一个填充二维等高线图的函数。代码：z = peaks;[c,h] = contourf(z);clabel(c,h)colorbar效果图：代码：z = peaks;v = [min(z(:)) -6:8];contourf(z,v)效果图：
2021-12-08 12:34:42
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原创 matlab数据类型single vs double
single vs double今天在做小波变换，将数据wavelet transform再反变换回来，发现无法完全恢复。debug了很久，发现问题出在我的数据类型是single，换成double就没有问题了。所以注意，在进行一些复杂运算的时候，记住数据类型一定要记得换成double，否则就会出错。我觉得原因是因为single是八位，精度不够进行复杂运算吧，会产生溢出问题。反正切记，复杂运算之前看看自己的数据类型。或者并不需要那么麻烦，一般我们的复杂运算都是放在写好的函数里面，只要将函数的输入的
2021-11-18 15:52:59
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原创 Endnote加入新的style（参考文献格式）
步骤：1，网上下载目标style（参考文献格式），可以是目标journal，也可以是GBT7714等。2，双击打开下载的style3，file->save as4,打开一个endnote：edit->output styles->open style manager->找到刚才save as的style打上勾。...
2021-11-11 15:39:37
46496
原创 pytorch同时调用多块GPU
首先batch size要大于现有的gpu的数量。device = torch.device("cuda:0" if torch.cuda.is_available() else "cpu")#cuda:0代表起始的； #device_id为0,如果直接是cuda,同样默认是从0开始，可以根据实际需要修改起始位置，如cuda:1if torch.cuda.device_count() > 1: #查看当前电脑的可用的gpu的数量，若gpu数量>1,就多gpu训练 model = torc
2021-10-30 16:02:52
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原创 TypeError: ‘module‘ object is not callable
TypeError: ‘module’ object is not callable 解决方法这个问题是因为python imaport有两种方式1，import xx as yy (所有导入的东西使用时需加上模块名的限定)2, from xx import yy (不需要加上模块限定词，可以直接当成函数用)#可以正常运行from torchsummary import summary summary(model,(1,256,256))#报错：TypeError: 'module' obj
2021-10-28 19:49:26
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原创 IOError: Unable to open file (File signature not found)
这个错误是来源于我用h5py读取Matlab存的.mat文件。h5py.File(path)是因为matlab的.mat文件保存的时候，如果没有加-v7.3(save(‘data.mat’,‘test’,’-v7.3’)),就不是h5py格式保存，所以应该使用原始的load方法：my_test = scipy.io.loadmat(my_test.mat)my_test = my_test['test']...
2021-10-28 16:15:03
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原创 python-数据类型Tuple （元组）
Python 元组(Tuple)操作详解创建元祖变量tup1 = ('physics', 'chemistry', 1997, 2000)tup2 = (1, 2, 3, 4, 5 )tup3 = "a", "b", "c", "d";tup0 = (50,) #元组中只包含一个元素时，需要在元素后面添加逗号来消除歧义创建空元祖变量tup1 = ()取元素test[0]...
2021-10-27 14:39:21
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原创 python-enumerate
enumerate() 函数用于将一个可遍历的数据对象(如列表、元组或字符串)组合为一个索引序列，同时列出数据和数据下标，一般用在 for 循环当中。for index,data in enumerate(test_loder):
2021-10-27 10:13:09
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原创 ubantu pycharm安装
1,直接用file->setting->project:python->±>Insatll package(pydensecrf) (等同于：pip install pydensecrf );如果上述行不通，会报一些奇奇怪怪的错误；2,直接用file->setting->project:python->±>Insatll package （cython）(等同于：pip install cython );然后做1，若还不行转3.3，在pycharm的te
2021-10-26 12:51:10
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原创 3种相关分析
R里面做相关(library())的话，通常会见到这三种不同的相关方法，用不同的方法得出来的结果是不一样的，所以总结一下，什么时候该用什么方法。pearson (皮尔逊相关)spearman （斯皮尔曼相关）kendall （肯德尔相关）R:library(dplyr)stats_temp_k = pcor.test(X,Y, Z,method=“kendall”)# Z is the controlling variblesMatlab:一 、皮尔逊相关性在统计学中，皮尔逊相关系数( P
2021-10-19 19:45:41
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原创 word公式自动排版最简单
如果我们在word是insert equation插入的公式的话，只要在公式后面输入#（number）然后回车，就会直接居中，并且自动更新编号。效果：
2021-09-27 21:19:29
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原创 Matlab-图片上画线
imshow(x)plot([x1,x2],[y1,y2],‘Color’,‘r’,‘LineWidth’,5)point1 = [x1,y1];point2 = [x2,y2];
2021-09-27 10:47:17
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原创 2021-09-16画图色卡
给paper画图的时候，总是会遇到配色的问题。Matlab自带的各种颜色，r, b，g等等，太单调了。如果想要自己配色，可以考虑下面的额色卡。
2021-09-19 10:21:42
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原创 Matlab figure的position的参数的意义
figure(‘position’, [left, bottom, width, height])
2021-09-07 11:49:57
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原创 Convert3D Medical Image Processing Tool
一个可以将ants的registration文件和fsl的registration文件互相转换格式的软件https://sourceforge.net/p/c3d/git/ci/master/tree/doc/c3d.md
2021-08-12 13:12:33
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原创 python-eval/exec动态语句函数
动态语句是一个非常有用的语句，可以循环定义变量，可以将一大堆代码变成一小堆代码。Matlab：eval('test = 1+12')在Matlab里面eval可以帮我们实现这个功能。Python：eval('test = 1+12') python里面这样写是会报错的。eval函数当中是不能包含等于号的所以解决方案有两个test=eval('1+12')exec('test=1+12') 这样两句都是不会报错的...
2021-07-21 10:19:48
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原创 在Matlab/Octave上使用bart
在Matlab/Octave上使用bartsensitivities = bart('ecalib', kspace);image_out = bart('pics -l1 -r0.001', kspace, sensitivities);-l1 表示用wavelet L1 regularizer不写-l1，会直接用L2 regularizer
2021-07-05 10:35:59
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原创 Manually changing Affine Matrix(手动修改affine matrix， spm/fsl/ants)
在做配准或者模拟motion 运动的时候我们可能会需要自己generate 或者改变motion parameters or affine matrix.spm对于用spm获得的配准矩阵，可以是自己存的是txt的格式，因为自己存，自己再一次load,所以修改不是问题。fsl对于fsl获得的affine matrix，是.mat文件格式，在Matlab里面load 出来修改变量，再一次save，再-applyxfm是可以用的，没有问题。ANTs对于ants来说，问题就复杂很多了。ANTs配准是自动
2021-07-05 04:49:52
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原创 Matlab怎么从table变成matrix
有的时候table比较好循环存储不同的数据，但是在后续操作中可能需要转换成矩阵更好操作。table2array(test)
2021-06-25 15:31:37
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原创 MRI-reconstruction, BART 安装问题
1，下载BART的文件（link）a,命令行下载 $ sudo apt-get install make gcc libfftw3-dev liblapacke-dev libpng-dev libopenblas-dev $ wget https://github.com/mrirecon/bart/archive/vX.Y.ZZ.tar.gz要是命令行下载不行（我就遇到了），直接手动下载b,手动下载2，解压,make $ tar xzvf vX.YY.ZZ.tar.gz $ cd ba
2021-06-25 14:16:09
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原创 MRI-reconstruction, BART
Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART)包含了用线圈灵敏度估计和包含并行成像和压缩感知的欠采样MR图像重建的标准方法的方法的实现。对于高MRI重建的人来说，十个很好的软件工具包。同时可以手撕源代码，根据自己的目标函数，写代码。1，loss function是矩阵error求和的代码实现方法2，1-norm constraint怎么实现（L1-norm minimization using non linear conjugate gradien
2021-06-25 10:39:27
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原创 Matlab 修改save mat文件的version
代码或者设置都可以（推荐使用设置，一劳永逸，不要难过每次save的时候都要标明mat的version）代码实现：Save（filename，Vars，'-v7.3'）设置home->Preeference(⚙️)->General(通用)->MAT-File把自己想要存的version选上。一般使用v7.3,因为可以存超大数据。...
2021-06-22 18:41:26
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原创 Matlab-函数xor判断两个变量内的逻辑值是否一样
用处：数组之间的逻辑判断使用方法：test1 = logical([1,0]);test2 = logical([0,1]);xor(test1,test2);运行结果
2021-06-22 10:18:27
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原创 matlab-clearvars 删除工作区变量函数
用处：删除Matlab 工要作区里的变量使用场景：当我们需要循环使用某个临时变量名时，最好把变量清除一下，以防出现未知的错误。用法：1，删除某个变量clearvars VAR1 VAR22，删除特定索引的变量，比如删除t开头的所有变量tesu= 7980;clearvars t*3，删除所有变量clearvars -GLOBAL4，删除除某些变量意外的所有变量clearvars -EXCEPT VAR1 VAR2...
2021-06-21 18:27:15
4763
原创 matlab-whos函数用法
总结matlab 函数whos的几个用法1，列出变量的信息，size，memorytest = zeros([72,72,56]);whos test运行结果：应用场景：当我们需要定义一个很大的matrix，但是我们又不知道这个matrix会不会超过我们系统的memory的时候，可以先用这个函数，测试一下自己这个matrix的大小，有个数知道自己会不会因为内存过大报错。当然也可以知道自己数据到底有多大，回不回出现占用99%内存让自己和别人（服务器上）都卡死的情况。2，获得整个工作区所有的
2021-06-21 12:50:19
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原创 风险比率（Hazard ratio，HR）
风险率（Hazard Rate），是单位时间内发生的事件数占被试总体的百分比。风险比率，正式的英文名称是Hazard Ratio。风险比率是两个风险率（Hazard Rate）的比值。在医学和公共研究中，常常使用风险比率来表示实验组与对照组之间的风险差别。卡普兰-梅耶生存曲线（Kaplan-Meier curve）能够直观表示风险率。曲线上的点表示此时存活人数占全组人数的比值，即生存率。生存率与风险率之和为1.图中在任意一个时间点上，两个组的风险率之比，就是风险比率。...
2021-06-18 21:13:34
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原创 如何查找图书 的参考文献的endnote格式
比如图书：Basic Neurochemistry. Principles of Molecular, Cellular, and Medical Neurobiology。通常我们一般下载了pdf导入endnote再进行引用。但是有的文件pdf信息有误，导致无法读出文件信息，最后在endnote中就是有一个名字。这阻碍了我们整理参考文献。解决方案：googleciteendnote...
2021-06-18 21:11:42
3575
原创 关于T检验的各种问题
1.问题我们都知道双样本的T，两个样本都来自于正态分布总体是应用T检验的前提。实际应用中，又怎么能知道自己的样本是否来自于正态总体呢？而且，对于同样的两组数据，参数使用单尾/双尾，以及成对/等方差/异方差，会有多达6个结果。而且每个计算得出的P值会有差别，有时候还特别大，直接影响对检验结果的判定，它们之间有什么区别或差异呢？实际应用中该如何科学的选取合适的参数呢？我之前写过一个关于t检验的博文，可能有一些帮助。https://www.jianshu.com/p/91e73fac9b37但是还是有一些
2021-06-18 21:09:20
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原创 matlab调用fsl和ants做配准的例子，非常好用，可以可视化结果，更好做批处理。
% Example of matlab registration using fsl and antsin_file_name = '/your_file_path/file_brain_AXT1_202_2020014.nii';ref_file_name = '/your_file_path/file_brain_AXT1_202_2020486.nii';out_name = '/your_file_path/file_brain_AXT1_202_2020014registration2sub
2021-06-11 17:54:13
1083
原创 version `GLIBCXX_3.4.26‘ not found问题解决方案
场景：Matlab下面用unix语言运行ants的代码。Error info：/opt/ANTs/bin//antsRegistration: /usr/local/MATLAB/R2019a/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6: version GLIBCXX_3.4.26' not found (required by /opt/ANTs/bin//antsRegistration) /opt/ANTs/bin//antsRegistration: /usr/local/M
2021-06-11 16:56:32
5724
原创 vim简单使用流程，包教包会，打开-＞输入-＞保存退出
vim很难用，主要还是因为和我们普通的文本编辑器习惯差很远。简单使用流程，包教包会1，通过vim /etc/frofile 进入后，2，按 i 字母进入插入（insert）状态，开始编辑2，写完之后需要保存退出先按esc键，退出插入模式3，然后按住shift键，并连按两次z字符，即可保存刚才的编辑并退出vim编辑状态！！！...
2021-06-11 15:19:21
450
UCSF ASL Perfusion Processing Methods (ADNI)
2020-11-18
空空如也
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