基于FSL的DTI数据预处理流程

       最近在学习处理DTI数据，总结了一份应用FSL做DTI数据预处理的流程与大家交流交流。如果有错误的地方欢迎大家指正！

       我用的数据是Philips的数据，如果是GE或者西门子的数据可能会有所不同。

 

原始数据：包括3DT1数据和高分辨率DTI数据，均是dicom格式。

工具：MRICRON和FSL，所有的命令均在Linux的终端中运行。

 

1.格式转换：将后缀名为dcm的原始数据转换为后缀名为nii.gz格式的数据。

nii.gz格式的数据不损失原始数据信息，并且能节省大量空间。FSL能够处理的是nii.gz格式的数据。
命令：dcm2nii *.dcm
需处理的文件包括：3DT1数据和DTI数据
输出文件说明：
 1）3D结构像生成原文件、o开头、co开头的文件。其中o开头的文件主要是进行了reorient的，而co是经过切割了neck的。一般用于空间normalize都选用co开头的文件。为了便于说明，此处生存的文件名记为file1。
 2）对于DTI数据，Philips的数据选用已x开头的.nii.gz文件。文件名记为file2.
转换完成后需要检查bvals和bvecs文件。可以在matlab中查看所有被试的bvlas文件，检查b值是否一致，方向数是否相同；检查bvecs文件，查看不同被试的DTI方向差别是否太大。

2.提取b0图像
需处理的文件为：.nii.gz格式的DTI数据
命令：fslroi file2 b0 0 -1 0 -1 0 -1 0 1
输出文件：b0.nii.gz

3.波脑
命令：bet2 b0.nii.gz no