figtree需要在JAVA下运行吗_Phylogenomic_Tutorial || ML_Tree inference

Github/mmatschiner的phylogenetic & phylogenomic学习教程记录【一】多序列比对；核算替换模型的选择；最大似然法建树的学习

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软件准备Preparation

Basics

Bash

Ruby 2; 版本> 2

Python 3

R

安装包Libraries

Python3的安装包：包括有numpy, scipy msprime

R安装包：包括有ape, coda，用于introgression分析。

软件Programs

MAFFT: 多序列比对软件；MAFFT

AliView： 多序列比对的可视化软件；AliView

BMGE： 多序列比对后保守序列区段鉴别软件，polish软件；类似熟悉的Gblocks。BMGE

PAUP: 系统发育分析软件MP法；PAUP*

FigTree系统树的可视化软件；FigTree

BEAST2分子进化；分子时间计算经典软件；https://www.beast2.org

TracerBayesian贝叶斯树的后验计算；Tracer

Blast+ 经典序列比对blast软件；Blast

ASTRAL 根据基因树来推断物种树的软件；ASTRAL

Abyss 同组装相关软件；Abyss

BWA 短序列比对软件；BWA

bcftools vcf文件操作软件；bcftools

Dsuite 计算Introgression的D-statistics数值软件；Dsuite

Relate 大规模样本数据计算谱系历史的软件；较新的软件；Relate

多序列比对

Outline

多序列比对是系统发育分析的基础；其目的是为了确定序列之间同源的区段(homologous nucleotides可比较的序列)；本节为了解决以下问题：

利用MAFFT软件做多序列比对；

鉴定并排除可能错误比对的序列区段；

利用公共数据库NCBI GeneBank补全已有的数据集合；

Datasets

数据来源于Matschiner et al. 2017。此为研究cichlid(慈鲷科鱼种)在各大