r计算百分位数_R语言stan进行贝叶斯推理分析

原文连接：

http://tecdat.cn/?p=6252​tecdat.cn

R的Stan

可以从许多统计软件包中运行Stan。到目前为止，我一直在从R运行Stan，首先按照快速入门指南中的说明安装并运行所有内容。

简单线性回归

第一步是为Stan模型编写文件。这包含一个文件linreg.stan：

data { int N; [N] x; vector[N] y; } parameters { real alpha; real beta; real sigma; } model { y ~ normal( + beta * x, sigma); }

该文件的第一部分称为数据，它声明了将作为输入传递给Stan的标量，向量和矩阵。

接下来，我们可以通过运行以下R代码来模拟数据集，并使用Stan和我们的文件linreg.stan来拟合模型：

set.seed(123) n <- 100 x <- rnorm(n) y <- x+ (n) mydata <- list(N = n, y = y, x= ) fit <- stan(file = 'linreg. ', data = mydata, iter = 1000, = 4)

第一次安装Stan模型时，模型编译成C ++时会有几秒钟的延迟。然而，正如Stan的开发人员描述的那样，一旦编译了模型，就可以将其应用于新的数据集而无需重复编译过程（在执行模拟研究的背景下具有很大的优势。

在上面的代码中，我们要求Stan运行4个独立的链，每个链有1000次迭代。运行后，我们可以通过以下