一文详解如何用 R 语言绘制热图

简介

本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：

● heatmap():用于绘制简单热图的函数

● heatmap.2():绘制增强热图的函数

● d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包

● ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的R&bioconductor包（非常适用于基因组数据分析）

数据准备

使用R内置数据集 mtcars

df <- as.matrix((scale(mtcars))) #归一化、矩阵化

使用基本函数绘制简单简单热图

主要是函数 heatmap(x, scale="row")

● x: 数据矩阵

● scale：表示不同方向，可选值有：row, columa, none

● Default plotheatmap(df, scale = "none")

Use custom colorscol <- colorRampPalette(c("red", "white", "blue"))(256)heatmap(df, scale = "none", col=col)

#Use RColorBrewer color palette names

library(RColorBrewer)col <- colorRampPalette(brewer.pal(10, "RdYlBu"))(256)#自设置调色板dim(df)#查看行列数

## [1] 32 11

heatmap(df, scale = "none", col=col, RowSideColors = rep(c("blue", "pink"), each=16), 

ColSideColors = c(rep("purple", 5), rep("orange", 6)))

#参数RowSideColors和ColSideColors用于分别注释行和列颜色等,可help(heatmap)详情

增强热图

函数 heatmap.2()

在热图绘制方面提供许多扩展，此函数包装在 gplots 包里。

library(gplots)heatmap.2(df, scale = "none", col=bluered(100), 

trace = "none", density.info = "none")#还有其他参数可参考help(heatmap.2())

交互式热图绘制

d3heatmap 包可用于生成交互式热图绘制,可通过以下代码生成：

if (!require("devtools")) 

install.packages("devtools") 

devtools::install_github("rstudio/d3heatmap")

函数 d3heatmap() 用于创建交互式热图，有以下功能：

● 将鼠标放在感兴趣热图单元格上以查看行列名称及相应值

● 可选择区域进行缩放

library(d3heatmap)d3heatmap(df, colors = "RdBu", k_row = 4, k_col = 2)

k_row、k_col分别指定用于对行列中树形图分支进行着色所需组数。进一步信息可help(d3heatmap())获取。

使用 dendextend 包增强热图

软件包 dendextend 可以用于增强其他软件包的功能

library(dendextend)# order for rows
Rowv <- mtcars %>% scale %>% dist %>% 
hclust %>% as.dendrogram %>%
set("branches_k_color", k = 3) %>% 
set("branches_lwd", 1.2) %>% ladderize# Order for columns# 
We must transpose the data
Colv <- mtcars %>% scale %>% t %>% dist %>% 
hclust %>% as.dendrogram %>%
set("branches_k_color", k = 2, value = c("orange", "blue")) %>% set("branches_lwd", 1.2) %>% ladderize
#增强heatmap()函数
heatmap(df, Rowv = Rowv, Colv = Colv, scale = "none")

#增强heatmap.2()函数

heatmap.2(df, scale = "none", col = bluered(100), Rowv = Rowv, Colv = Colv, trace = "none", density.info = "none")