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原创 linux命令之gzip
gzip不仅可以用来压缩大的、较少使用的文件以节省磁盘空间,还可以和tar命令一起构成Linux操作系统中比较流行的压缩文件格式。减少文件大小有两个明显的好处,一是可以减少存储空间,二是通过网络传输文件时,可以减少传输的时间。这样,所有test下面的文件都变成了*.gz,目录依然存在只是目录里面的文件相应变成了*.gz.这就是压缩,和打包不同。gzip是个使用广泛的压缩程序,文件经它压缩过后,其名称后面会多处“.gz”扩展名。把上例中每个压缩的文件解压,并列出详细的信息。文件列表:指定要压缩的文件列表。
2024-09-19 19:21:05 302
原创 拟南芥中基因家族序列的提取
1.拟南芥基因组数据的下载是一个收录植物基因组数据的网站,数据整理比较规范,已 经提供了去除可变剪切的 cds 和 protein 序列文件。只有 gff3 文件需要 过滤处理2. 对拟南芥的注释文件gff3文件进行ID处理,最终得到以下4个文件基因组文件:Ath.genome.fasta基因注释文件:Ath_final.gff3 cds序列文件:Ath.cds.fasta蛋白序列文件:Ath.pep.fasta3.从拟南芥数据库 geneFamily 中下载我们关注的基因家族信息。
2024-08-17 21:10:43 674
原创 如何在linux系统中用conda安装R环境及R包
(1)、特别注意,如果.condarc文件找不到的话,需要,是因为没有在cmd命令中输入 conda config命令,只有第一次输入该命令之后,系统才会自动创建.condarc文件。这个方法可以特别注意,因为https有时候会出现连接错误的问题,改成http后不会再出现此类问题。备注:激活环境Linux,OS X: source activate env-name。2. 进入环境后,多添加一些conda channel。1. 提前准备好conda的R单独环境。##创建环境和激活环境。
2024-07-29 19:57:23 546
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