序列搜索/启动子分析/同源建模（转）

转自：果子学生信 微信公众号

第一题：利用核酸和蛋白质数据库下载“Homo sapiens apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3A (APOBEC3A)”的核酸序列和蛋白质序列，在核酸水平上分析启动子序列，并进一步对蛋白质的结构进行同源建模

解答：

1. 查询APOBEC3A的核酸和蛋白质序列
2. 在核酸水平上分析启动子序列
3. 对蛋白质进行同源建模

1.1 找核酸序列

1.NCBI搜

2.查DNA序列，选human

3.进入

4.往下找FASTA

5.得到序列

1.2 找mRNA序列

1. NCBI搜

2.选人的

3.选FASTA

4.得到序列

1.3 找蛋白质序列

1.NCBI搜

2.选人的

3.找FASTA

 

2.1 找出启动子序列

1.查找基因，进入Map Viewer

2.进入dl

3.表示基因在染色体上的位置

4.

5.改坐标，从-2000-+200

6.即为所要

另一种办法：

1.选GenBank

2.正向的序列前面数字-2000，反向的后面数字+2000

3.更新

4.保存为FASTA格式，后面会用到

2.2 找出转录因子的结合位点

问题：找出转录因子c-Myc与基因APOBEC3A的TFBS

1.进入JASPAR数据库，检索

2.粘贴前面的完整的FASTA序列，包括序列名称信息，勾选，开始扫描

3.strand为-1的无意义，选分数高的

3.1 利用同源建模法预测蛋白质结构

蛋白质三级结构比一级结构保守得多，所以可以通过数据库比对找到同源序列，从而预测出某蛋白质的三维结构

1.打开SWISS-MODEL数据库

2.start modeling，填入蛋白质序列，build model

3.结果很多很复杂，需要慢慢看