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生物医学信息学博客

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原创 关于图片无法正常显示

昨天晚上打开博客一看,发现部分博文里的图片都无法正常显示了,就很奇怪。复制了图片链接以后也无法打开,就想到可能是被墙了,出问题的博文都是用markdownpad写的博文,图片都自动上传到imgur,但是最近imgur被墙了。所以解决方案是:翻qiang,就能看到那些无法正常显示的图片了。...

2019-10-14 16:21:26 448

原创 使用python推送消息至手机微信最全版(搭建自己的Server酱推送平台)

使用python推送消息至手机微信最全版(搭建自己的Server酱推送平台)摘要本文共包含以下三个部分:使用Server酱推送消息(免费版基于模板消息,未来可能无法使用;付费版是月付模式)使用“微信测试号”搭建类似Server酱的推送平台(基于模板消息,未来可能无法使用)使用“企业微信”搭建类似Server酱的推送平台(完全免费,力荐!!!)需求分析经常会有这种需求,已经写好了程序挂在服务器后台,希望程序报错停掉的时候,可以在手机上及时收到通知;亦或者是写好了秒杀程序,监控商品何时上线(比

2021-04-09 22:28:21 1283

原创 tensorflow 多线程操作(转载)

参考:https://github.com/tensorflow/tensorflow/issues/8220tensorflow 2.ximport osimport multiprocessingclass Predictor(multiprocessing.Process): def __init__(self, input_queue, output_queue, gpu_id): multiprocessing.Process.__init__(self)

2020-12-22 14:20:31 285 2

原创 如何将视频网站的视频下载为mp4格式

背景我们经常会遇到视频网站只提供专用的下载器,然后下载的结果也是其专门的格式,从而难以分享。比如“爱奇艺”就只提供他自己的视频软件进行下载,然后还是QSV格式的,如果需要常用的mp4格式,还要再装一个格式转换的软件,就会至少要装两个软件,再以爱奇艺为例,就需要在电脑上装“爱奇艺视频专用播放器”和“格式转换软件”两个东西。如果只是临时要用的话,这样就略显麻烦。本文章将会介绍一种比较硬核的方法,无需安装这两个软件,也能下载mp4视频,方法可能需要有一定的计算机基础,所以只面向有兴趣的同学,零基础的朋友还是依旧

2020-08-04 22:53:04 774

原创 如何实现网页中按钮的自动点击?

背景:经常会遇到秒杀抽奖类的活动,到点在网页上点按钮进行秒杀,但是鼠标连点起来会很麻烦,因此考虑写点代码实现自动化。方法:使用Chrome浏览器,右击目标按钮,点击“检查”,有的浏览器也叫“审查元素”,找到目标按钮的id,例如百度的按钮是:<input type="submit" id="su" value="百度一下" class="bg s_btn">此处id就是su。在console中,粘贴如下代码行:setInterval(function(){document.getEl

2020-06-25 15:44:14 6147 6

原创 使用CAT进行MRI脑图像分析

使用CAT进行MRI脑图像分析MED620122 生物医学工程进展数据在所提供的6个T1 MRI数据(男性和女性各3位)上进行分析。根据SPM或CAT所提供的学习资料,边学习边分析这6个数据。要求:去除颅骨后对脑容量分析,如平均脑容量,男性与女性脑容量比较;分割大脑灰质、白质和脑脊液,并进行比较分析;分割出大脑左右尾状核,并比较分析。改善图像的对比度,将6个图像的亮度变换到同一空...

2019-10-09 12:05:56 6222 15

原创 使用fsl进行MRI脑图像分析

使用fsl进行MRI脑图像分析MED620122 生物医学工程进展1 安装教程软件与系统版本FLIRT version 6.0Ubuntu 16.04FSLeyes version 0.31.0+build0(这里有个坑是,fsl本身也自带fsleyes,但是版本较低,有些功能使用会有问题,需要单独下载fsleyes然后替换)首先,去官网下载fslinstaller.py 选择 ...

2019-10-09 12:02:58 9558 10

原创 使用docker在Ubuntu上安装TensorFlow-GPU

基于docker在Ubuntu上搭建TensorFlow-GPU计算环境由于实验室的服务器有多人共享使用,而不同人的代码对应的keras和tensorflow版本不一致,所以对应的cuda版本也不相同,因此,考虑使用docker安装自己的容器,这样就可以避免共享cuda版本不一致造成的麻烦。(不过有贴子说使用docker的话,GPU性能只能发挥80%,所以有利有弊吧)安装docker首先,检...

2018-12-03 11:39:49 10737 3

原创 Ubuntu安装多版本cuda 多版本之间切换

Ubuntu安装多版本cuda 多版本之间切换由于实验室有多人使用,而不同人用不同版本的TensorFlow-gpu,所以依赖的cuda版本也不一样,需要自由方便的切换。cuda的下载到 CUDA Toolkit Download 下载所需版本,以 cuda_9.0.176_384.81_linux.run为例:https://developer.nvidia.com/cuda-90-do...

2018-11-27 21:06:07 2024 2

原创 windows 8 + Tensorflow 1.10.0 + Python 3.6.4 + CUDA 9.0 + CUDNN7.3.0配置

windows 8 + Tensorflow 1.10.0 + Python 3.6.4 + CUDA 9.0 + CUDNN7.3.0配置一、首先安装TensorFlow因为anaconda可以更方便的进行包的管理,所以先装了一波anaconda,然后pip install tensorflow-gpu二. CUDA 9.0安装(注意CUDA9.1和CUDA9.2还不行,亲测)(1)安装...

2018-09-27 21:51:51 1235 2

原创 Generative Adversarial Networks: An Overview文献阅读笔记

Generative Adversarial Networks: An Overview笔记AbstractGenerative adversarial networks (GANs) provide a way to learn deep representations without extensively annotated training data. They achieve...

2018-08-08 20:48:29 2907

原创 基于Java和MySQL的图书管理系统

Java图书管理系统设计人:wangyunpeng_bio项目需求随着计算机的普及和应用水平的提高,经过考察比较,决定利用自己的Java知识开发小型的图书管理系统,方便图书的管理。 图书管理系统是典型的信息管理系统。本次作业利用JAVA开发工具Eclipse和MySQL数据库来开发这个图书管理系统。该系统要解决的图书管理所要解决的问题,可以满足图书管理基本要求,包括添加、管理等功能。...

2018-06-20 21:41:17 64638 88

原创 用python玩转微信小游戏 大小猜猜看

用python玩转微信小游戏 大小猜猜看游戏模式在微信小程序里搜索“大小猜猜看”,即可找到该游戏。 游戏的目标比拼计算能力,找出谁大谁小,一共有40题,全部答对即挑战成功。 一开始答题时间充足,数字也比较简单,后面就需要特别快的计算速度。 项目地址本项目地址:https://github.com/wangyunpengbio/wechat_game_daxiao...

2018-06-20 20:41:32 1031

原创 BRAF蛋白V600E突变的影响

BRAF蛋白V600E突变的影响目的:使用Cosmic、Clinvar、dbsnp等多种数据库,注释错义突变对蛋白质功能、稳定性和相互作用的影响。步骤: 1. 查找突变数据:选择癌症相关基因BARF,从COSMIC数据库下载BARF错义突变数据。 2. 查找结构数据:进入PDB,搜索BRAF,下载BRAF蛋白质单体的结构pdb文件、以及BRAF与其他蛋白结合的复合物pdb文件。 ...

2018-06-05 20:08:05 5805

原创 BRAF蛋白F595S G615R突变的影响

BRAF蛋白F595S G615R突变的影响目的:使用在线Webserver,分析突变对蛋白质表型、稳定性、结合亲和力的影响。步骤: 1. 查找突变数据:选择癌症相关基因BRAF,从COSMIC数据库下载BARF错义突变数据。 2. 查找结构数据:进入PDB,搜索BRAF,下载BRAF蛋白质单体的结构pdb文件、以及BRAF与其他蛋白结合的复合物pdb文件。 3. 突变数据分析...

2018-06-05 17:32:32 1538

原创 启动子的分析和预测

启动子的分析和预测一、摘要加深对基因启动子的理解和认知;学会如何获取已知基因的启动子序列数据;熟悉不同启动子分析软件的使用及其适用范围;学会设计启动子克隆引物。熟悉EPD和TransFac数据库的使用;学会使用已知的启动子和转录因子TransFac的HMM模型,并能够独立编程,利用该HMM模型来计算鉴别未知启动子二、材料和方法1、硬件平台处理器:Int...

2018-06-05 16:50:56 67839 4

原创 真核生物基因组的基因分析和预测

真核生物基因组的基因分析和预测 #一、摘要加深基因预测基本原理的理解(如密码子的偏好性、内含子外显子剪切识别序列等);了解同源基因预测的意义所在;熟悉已有的基因预测的使用(如GenScan、GeneWise等);二、材料和方法1、硬件平台处理器:Intel(R) Core(TM)i7-4710MQ CPU @ 2.50GHz 安装内存(RAM):16.0...

2018-06-05 16:15:44 9686 4

原创 序列组装

序列组装一、摘要加深序列组装原理的理解;熟悉已有的基因组序列组装软件的使用;掌握常用的序列组装软件的使用;能够独立地使用自己所掌握的编程语言编写序列组装的简化程序。二、材料和方法1、硬件平台处理器:Intel(R) Core(TM)i7-4710MQ CPU @ 2.50GHz 安装内存(RAM):16.0GB2、系统平台Windows 8.1、...

2018-06-05 15:46:20 3504

原创 基因组测序模拟

基因组测序模拟一、摘要通过熟悉已有的基因组测序模拟和评估程序,加深全基因组鸟枪法测序原理的理解,并且能够编写程序模拟全基因组鸟枪法测序,理解覆盖度、测序深度、拷贝数等概念,设置测序相关参数,生成单端/双端测序结果文件二、材料和方法1、硬件平台处理器:Intel(R) Core(TM)i7-4710MQ CPU @ 2.50GHz 安装内存(RAM):16.0GB...

2018-06-05 15:29:51 2898

原创 Gromacs动力学模拟

动力学模拟实验要求:实验对象:选取目标体系,可自行选择一个蛋白质体系,也可以用Modeller 建模最佳模型结构.pdb进行操作。 软件: Gromacs-5.1.2 www.gromacs.org (manual/ tutorial)实验步骤:加力场。 gmx pdb2gmx –h 打开帮助菜单。 选力场的时候选择 Amber99sb…,溶剂类型选Tip3p。加...

2018-06-05 11:26:37 9491 11

原创 AutoDock分子对接

分子对接 #一、题目要求自己寻找一个受体+药物分子复合物体系(不同配体结合3-4个),然后拿复合物结构作为起始,做对接实验。 软件自选,Dock, AutoDock…二、操作过程记录及结果1、软件下载与安装AutoDock下载安装进入AutoDock官网下载安装http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-r...

2018-06-04 20:07:27 20352 5

原创 蛋白质的翻译后修饰

蛋白质的翻译后修饰一、题目要求请找出“人类connexin43”蛋白质上面的所有可能磷酸化位点,并注释其磷酸酶的家族 请找出“人类血红蛋白”上面的糖基化位点,注释结果 请从现有的工具中分别列举出三种磷酸化和糖基化位点预测的序列特征二、操作过程记录及结果磷酸化位点在uniprot中搜索人类的connexin43蛋白质,一共找到了16个磷酸化位点,13个丝氨酸磷...

2018-06-04 19:47:33 10046 1

原创 蛋白质结构预测

蛋白质结构预测一、 题目要求分别三种不同的方法(如采用基于信息论的GOR IV方法,Jpred,PSIPRED,SOPMA和神经网络方法PHD/Jnet(具体软件自己选))对给定蛋白序列做结构预测,结果输出并注释。重点说明不同方法预测结果有哪些不一样?为什么? 序列文件:model_sequence.fasta gi|19924159|ref|NP_003787.2| ...

2018-06-04 19:35:28 29008 4

原创 RRBS甲基化分析流程

RRBS甲基化流程分析流程和普通的测序分析一致,首先fastqc质量检测,接着对序列进行修剪,修剪后再质量检测;如果质量检测通过,则进行序列回帖,然后去除重复,计算甲基化程度,以及一些后续分析,本次后续分析使用R包methlykit以及edmr,还有其他一些甲基化分析软件可以参见附录。 流程命令比对流程首先进行fastqc质量鉴定,如果需要的话,再去除接头,PS:...

2018-06-02 20:33:44 16858 37

原创 50行Python代码玩转微信小游戏"颜色王者"

50行Python代码玩转微信小游戏”颜色王者”游戏模式在微信小程序里搜索“颜色王者”,即可找到该游戏。 游戏的目标比拼色彩敏感度。点击图片中不一样的色块即可。 这游戏前面20多级还是比较简单的,到后面色块实在太小,颜色越来越接近以至于到下图的程度。 工具介绍Python 3.5Android 手机Adb 驱动Python OpenCV库原理说明...

2018-03-16 16:35:02 8061 2

原创 Trigger word detection - v1 参考答案

Trigger Word DetectionWelcome to the final programming assignment of this specialization! In this week’s videos, you learned about applying deep learning to speech recognition. In this assignment,...

2018-03-04 21:44:05 6906

原创 Neural machine translation with attention - v3 参考答案

Neural Machine TranslationWelcome to your first programming assignment for this week! You will build a Neural Machine Translation (NMT) model to translate human readable dates (“25th of June, 2009...

2018-03-04 21:36:32 3770

原创 用R语言生成随机数模拟斗地主

程序介绍(Part A)斗地主中有时候会发现自己某一张牌没有,比如J一张都没抓到,下面使用R语言生成随机数,模拟计算如果自己J一张都没抓到的情况下,其他两人抓到J炸的概率为0.104iterSum = 1000000 #总实验次数countlostOneCard = rep(0,14)countBomb = rep(0,14)puke&lt;- c(rep(1:13,4),"A","...

2018-02-27 12:13:13 860

原创 Emojify - v2参考答案

Emojify!Welcome to the second assignment of Week 2. You are going to use word vector representations to build an Emojifier. Have you ever wanted to make your text messages more expressive? Your em...

2018-02-12 23:32:00 8824

原创 Operations on word vectors - v2参考答案

Operations on word vectorsWelcome to your first assignment of this week! Because word embeddings are very computionally expensive to train, most ML practitioners will load a pre-trained set of emb...

2018-02-12 23:31:18 6837

原创 Improvise a Jazz Solo with an LSTM Network - v1参考答案

Improvise a Jazz Solo with an LSTM NetworkWelcome to your final programming assignment of this week! In this notebook, you will implement a model that uses an LSTM to generate music. You will even b...

2018-02-12 23:30:33 3395

原创 Character level language model - Dinosaurus land参考答案

Character level language model - Dinosaurus landWelcome to Dinosaurus Island! 65 million years ago, dinosaurs existed, and in this assignment they are back. You are in charge of a special task. Lead...

2018-02-12 23:29:10 1775 1

原创 Building your Recurrent Neural Network - Step by Step参考答案

Building your Recurrent Neural Network - Step by StepWelcome to Course 5’s first assignment! In this assignment, you will implement your first Recurrent Neural Network in numpy.Recurrent Neural Ne...

2018-02-12 23:26:45 4626 3

原创 Python20行代码进行人脸识别

功能介绍使用OpenCV进行人脸识别代码import cv2filename = "images/human.jpg"def detect(filename): # haarcascade_frontalface_default.xml存储在package安装的位置 face_cascade = cv2.CascadeClassifier("data/haa

2018-01-21 16:19:44 8458 4

原创 OpenCV玩微信小游戏星途WeGoing

游戏模式这是一个2D插画风格的益智游戏,玩家可以点击屏幕控制控制飞船在星球间飞跃,刚开始控制不好可能会撞上星球。工具介绍Python 3.5Android 手机Adb 驱动原理说明通过OpenCV里的cv2.HoughCircles()函数识别星球,通过像素颜色识别飞船,在飞船运行到两个星球间时点击屏幕。程序源码import cv2import num

2018-01-19 18:30:07 1209 3

原创 内网穿透工具frp使用说明

内网穿透工具frp使用说明服务端:腾讯云 Ubuntu16 客户端:某实验室内网里的一台 frp的github链接:https://github.com/fatedier/frp下载软件直接进入以下链接下载,下载前务必查看清楚自己的CPU型号 https://github.com/fatedier/frp/releases 环境准备:一台有公网IP的服务器作为服务端(腾讯云

2018-01-19 18:07:48 6038

原创 OpenCV GrabCut算法 物体分割(python语言)

import numpy as npimport cv2from matplotlib import pyplot as pltimgpath = 'G:/Python_code/OpenCVStudy/images/grabcut.jpg'img = cv2.imread(imgpath)# 预先绘制图片fig = plt.figure()plt.subplot(121), p

2018-01-10 17:29:55 7311 12

原创 OpenCV轮廓、边界框、最小矩形、最小闭圆检测

import cv2import numpy as np# 函数cv2.pyrDown()是降低图像分辨率,变为原来一半img = cv2.pyrDown(cv2.imread("G:/Python_code/OpenCVStudy/images/timg.jpg", cv2.IMREAD_UNCHANGED))# 将图片转化为灰度,再进行二值化ret, thresh = cv2.t

2018-01-08 22:11:20 3765 1

原创 GAN实现(TensorFlow,MNIST数据集)

Generative Adversarial Nets in TensorFlow生成对抗网络(简称GAN)是一种非常流行的神经网络。它由Ian Goodfellow等人在2014年NIPS论文中首次引入。这篇论文引发了对神经网络对抗训练的研究热潮。突然之间,GAN的许多改进都出现了:DCGAN,Sequence-GAN,LSTM-GAN等等。在2016年NIPS会议上,甚至有一整个专门针对GAN的

2017-12-27 13:54:42 4795 3

原创 生成对抗网络介绍(附TensorFlow代码)

生成对抗网络介绍(附TensorFlow代码)最近生成模型方面有着大量研究(例如,参见OpenAI博客文章)。这些模型可以学习创建与我们提供的数据类似的数据。这个背后的直觉是,如果我们能够得到一个模型来写出高质量的新闻文章,那么一定也会从中学到很多关于新闻的文章。换句话说,这个模型也应该有一个很好的新闻报道的内部表现形式。然后我们可以用这个表示来帮助我们完成其他相关的任务,比如按主题对新闻文章

2017-12-26 14:41:22 16475 5

使用fsl进行MRI脑图像分析

使用fsl进行MRI脑图像分析,安装教程,fsl Course,bet去除颅骨,fslroi选取感兴趣区域,FAST分割+偏置场校正,Partial Volume Segmentation 图像分割结果,fslstats 统计,FIRST 皮层下结构分割及统计分析,Vertex Analysis,Volumetric Analysis,信息汇总

2019-10-09

mirna-mrna数据分析

mirna-mrna数据分析

2017-07-02

Java图书管理系统

使用Java swing库绘制图形用户界面,并连接MySQL数据库的Java图书管理系统,内附MySQL数据库建立方式以及实体联系模型

2016-10-29

FSL安装及尾状核分割.docx

Windows10安装 windowssubsystemForLinux, 然后在windows中的Linux安装FSL

2019-10-09

苏州大学 C语言 课件 全

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2015-06-25

基因芯片数据分析,博客对应的相关文件

基因芯片,分析流程,相关代码,结果文件

2017-07-02

RNA-seq流程,博客对应的相关文件

苏州大学现代统计与生物信息学课程内容,实现RNA-seq流程的报告,使用hisat2+stringtie+ballgown流程

2017-04-23

真核生物基因组的基因分析和预测相关代码

真核生物基因组的基因分析和预测相关代码 加深基因预测基本原理的理解(如 密码子的偏好性、内含子外显子剪切识别序列等); 了解同源基因预测的意义所在; 熟悉已有的基因预测的使用(如GenScan、GeneWise等);

2018-07-17

Chip-seq流程全解,本人博客对应的相关文件

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2016-10-29

Modeller建模,本人博客对应的相关文件

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2017-04-08

微信小游戏大小猜猜看python自动化答题

微信小游戏大小猜猜看python自动化答题小程序,可以根据使用说明,进行配置和安装,然后一键答题。在微信小程序里搜索“大小猜猜看”,即可找到该游戏。 游戏的目标比拼计算能力,找出谁大谁小,一共有40题,全部答对即挑战成功。 一开始答题时间充足,数字也比较简单,后面就需要特别快的计算速度。

2020-04-04

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2017-02-02

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发表于 2020-01-02 最后回复 2020-01-02

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