MINIX文件系统与标准的UNIX的文件系统基本相同，由6部分组成：引导块、超级块、i节点位图、逻辑块位图、i节点、数据区。
    引导块是计算机加电启动时可由ROM BIOS自动读入的执行代码和数据。但并非所有盘都用作引导设备，所以对于不用于引导的盘片，这一盘块中可以不含代码。但任何盘片必须要含有引导块空间，以保持MINIX文件系统格式的统一。如果内核文件放在文件系统中，那么就可以在文件系统所在的设备的第一个块（引导块空间）存放实际的引导程序，并由它来取得和加载文件系统中的内核映象文件。
    对于硬盘块设备，通常在其上会划分出几个分区，并且在每个分区中都可以存放一个不同的文件系统。
    硬盘的第一个扇区是主引导扇区，其中存放着硬盘引导程序和分区表信息。分区表中的信息指明了硬盘上每个分区的类型、在硬盘中起始位置参数和结束位置参数以及占用的扇区总数。
    超级块用于存放设备上文件系统结构的信息，并说明各部分的大小。
逻辑块位图用于描述盘上每个数据块的使用情况。除了第一个位（位0）以外，逻辑块位图中每个位依次代表盘上数据区中的一个逻辑块。因此逻辑块位图的位1代表盘上数据区中的第一个数据盘块，而不是盘上的一个磁盘块（引导块）。当一个数据盘块被占用时，逻辑块位图中相应位被置位。由于当所有磁盘数据盘块都被占用时查找空闲盘块的函数会返回0值，因此逻辑块位图最低位（位0）闲置不用，并且在创建文件系统时会预先将其设置为1。
    i节点位图用于说明i节点是否被使用，同样是每个位代表一个i节点。
i节点部分存放着文件系统中文件和目录名的索引节点，每个文件或目录名都有一个i节点。每个i节点结构中存放着对应文件的相关信息。
    文件中的数据是存放在磁盘块的数据区中的，而一个文件名则通过对应的i节点与这些数据磁盘块相联系，这些盘块的号码就存放在i节点的逻辑块数组中。
   另外，对于/dev/目录下的设备文件来说，它们并不占用磁盘数据区中的数据盘块，即它们的文件长度是0。设备文件名的i节点仅用于保存其所定义设备的属性和设备号。设备号被存放在设备文件i节点的逻辑块数组0中。