from Bio import SeqIO
import argparse

records_new = SeqIO.parse(args.in_raw, "fasta")

Pretreated_fa = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(args.input, "fasta" ))

result = open(args.out_file, "w")
for rec in records_new:
    flag = True
    for k, i in Pretreated_fa.iteritems():
        if str(i.seq) == str(rec.seq):
            flag =False
            break
    if flag :
        SeqIO.write(rec, result, "fasta")
result.close()
from Bio import SeqIO
import argparse

records_bac = SeqIO.parse("nr.hmm.protein.faa", "fasta")
 
 
All_fa_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse("Allq_protein.faa", "fasta" ))
 
 
noDupID = open("No_Dup_ID.txt", "w")
noDupSeqR = open("new_Record.fast