linux运行blast,Linux下BLAST+的本地化（BLAST 2.2.29+）

Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST 2.2.29+):

1.  下载软件BLAST:

下载:   ncbi-blast-2.2.29+-x64-linux.tar.gz (根据自己的操作系统选择)。

2.  解压:

解压后放在任意目录下都可以，把相应路径加入PATH变量就是。

比如解压到用户的主目录(/home/yonpen)下，把解压后的文件夹重新命名为blast，则BLAST+的所有程序在目录/home/yonpen/blast/bin下。

3.  添加环境变量:

打开终端(Terminal)，切换为root用户，执行vim /etc/profile (需要了解Vim编辑器的基本命令)。

在最末尾添加：

export PATH=/home/yonpen/blast/bin:$PATH

保存退出。(环境变量的值由Blast所在路径决定。)

此处若成功，注销以后执行blastn -version会出现版本信息(一定要先注销或重启电脑)。

4.  新建:

在目录/home/yonpen/blast下新建一个文件夹，命名为db 。

在/home/yonpen下新建一个文件，命名为.ncbirc 。(文件名是以点号开头的)

在文件中添加内容：

[BLAST]

BLASTDB=/home/yonpen/blast/db

5. 下载FASTA格式的数据库:

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/

如下载nr.gz。

6. 建立BLAST+可用的数据库:

打开终端(Terminal)，切换到/home/yonpen/blast/db目录下，执行(以蛋白质库nr为例)：

makeblastdb  –in nr  -parse_seqids  -hash_index  -dbtype prot

(需要自己输入，复制这行命令可能不行，不知道为什么)

7.  使用程序:

如使用psiblast

在目录/home/yonpen/blast下新建3个文件夹，分别命名为pssm,input,output

设待查询序列所在文件的名字为a.fasta(一个文件放一条序列，且必须为fasta格式)

执行命令：

psiblast  -comp_based_stats 1  -evalue 0.001  -num_iterations 3  -db nr   -query input/a.fasta  -out output/a.txt  -out_ascii_pssm pssm/a.pssm