java 调用gephi_Gephi可视化（一）——使用Gephi Toolkit创建Gephi应用

最新推荐文章于 2024-09-20 20:06:26 发布

高太爷

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文章标签： java 调用gephi

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_34684094/article/details/114751576

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本文介绍了如何使用Gephi Toolkit在Java环境中创建一个Gephi应用程序，进行复杂网络分析和可视化。首先，通过初始化项目和工作区，接着导入数据并进行过滤操作，然后执行YifanHuLayout布局算法，根据节点度值分配颜色，调整节点大小，最后预览并展示在界面上。步骤包括创建项目、导入数据、过滤、布局、设置颜色和大小、预览和显示。

摘要由CSDN通过智能技术生成

在Prefuse上摸打滚爬了一段时间，发现其和蔼可亲，容易上手。但是每每在打开gephi，导入数据再运行时，总还是在心里暗自赞叹 gephi的绚烂之极，无与匹敌，当然，gephi也有自己的缺陷，但是gephi是一个在发展的、进步的、不断壮大的开源软件。纵使她曾经那般伤我，我仍是对其恋恋不舍，好吧，我已经病入膏肓。。。。。

言归正传，Gephi是一款开源免费跨平台基于JVM的复杂网络分析软件, 其主要用于各种网络和复杂系统，动态和分层图的交互可视化与探测开源工具。可用作：探索性数据分析，链接分析，社交网络分析，生物网络分析等。因为 Gephi是开源软件，所以可以获取其源码，允许开发者去扩展和重复使用。

Gephi开发平台：Netbeans平台(因为之前对于这句话理解不深，在eclipse环境下浪费了不少时间)

开发语言：Java

可视化引擎：OpenGL

贴上gephi做的两张图：

现在，我们就深入Gephi，好好了解下这个strong visual tool，这次我们不走源码，作为过来人，我还是想提醒下，如果java功底不是很扎实或是不太熟悉Netbeans开发平台以及Swing编程知识的可以走曲线，接近Gephi，否则会让自己焦头烂额，越陷越深，不可自拔^_^。下面通过一个实例，讲解如果新建一个Gephi实例，进行可视化展示：

(1)创建一个project、一个workspace，这是必做的工作，是进行后续操作的前提：

//Init a project - and therefore a workspace

ProjectController pc = Lookup.getDefault().lookup(ProjectController.class);

pc.newProject();

Workspace workspace = pc.getCurrentWorkspace();

(2)得到该空间的各个模型以及控制器，方便后面使用：

//Get models and controllers for this new workspace - will be useful later

AttributeModel attributeModel = Lookup.getDefault().lookup(AttributeController.class).getModel();

GraphModel graphModel = Lookup.getDefault().lookup(GraphController.class).getModel();

PreviewModel model = Lookup.getDefault().lookup(PreviewController.class).getModel();

ImportController importController = Lookup.getDefault().lookup(ImportController.class);

FilterController filterController = Lookup.getDefault().lookup(FilterController.class);

RankingController rankingController = Lookup.getDefault().lookup(RankingController.class);

(3)导入数据，使用Container接收，并将数据导入到空间中：

//Import file

Container container;

try {

File file = new File(getClass().getResource("/org/gephi/toolkit/demos/resources/polblogs.gml").toURI());

container = importController.importFile(file);

container.getLoader().setEdgeDefault(EdgeDefault.DIRECTED); //Force DIRECTED

} catch (Exception ex) {

ex.printStackTrace();

return;

}

//Append imported data to GraphAPI

importController.process(container, new DefaultProcessor(), workspace);

(4)通过打印信息，验证图形数据是否导入成功：

//See if graph is well imported

DirectedGraph graph = graphModel.getDirectedGraph();

System.out.println("Nodes: " + graph.getNodeCount());

System.out.println("Edges: " + graph.getEdgeCount());

(5)对图形数据进行过滤操作：

//Filter

DegreeRangeFilter degreeFilter = new DegreeRangeFilter();

degreeFilter.init(graph);

degreeFilter.setRange(new Range(30, Integer.MAX_VALUE)); //Remove nodes with degree < 30

Query query = filterController.createQuery(degreeFilter);

GraphView view = filterController.filter(query);

graphModel.setVisibleView(view); //Set the filter result as the visible view

(6)通过打印信息，验证过滤操作是否起作用：

//See visible graph stats

UndirectedGraph graphVisible = graphModel.getUndirectedGraphVisible();

System.out.println("Nodes: " + graphVisible.getNodeCount());

System.out.println("Edges: " + graphVisible.getEdgeCount());

(7)执行YifanHuLayout布局算法：

//Run YifanHuLayout for 100 passes - The layout always takes the current visible view

YifanHuLayout layout = new YifanHuLayout(null, new StepDisplacement(1f));

layout.setGraphModel(graphModel);

layout.resetPropertiesValues();

layout.setOptimalDistance(200f);

layout.initAlgo();

for (int i = 0; i < 100 && layout.canAlgo(); i++) {

layout.goAlgo();

}

layout.endAlgo();

(8)根据节点度值分配节点颜色：

//Rank color by Degree

Ranking degreeRanking = rankingController.getModel().getRanking(Ranking.NODE_ELEMENT, Ranking.DEGREE_RANKING);

AbstractColorTransformer colorTransformer = (AbstractColorTransformer) rankingController.getModel().getTransformer(Ranking.NODE_ELEMENT, Transformer.RENDERABLE_COLOR);

colorTransformer.setColors(new Color[]{new Color(0xFEF0D9), new Color(0xB30000)});

rankingController.transform(degreeRanking,colorTransformer);

(9)分配节点大小：

//Rank size by centrality

AttributeColumn centralityColumn = attributeModel.getNodeTable().getColumn(GraphDistance.BETWEENNESS);

Ranking centralityRanking = rankingController.getModel().getRanking(Ranking.NODE_ELEMENT, centralityColumn.getId());

AbstractSizeTransformer sizeTransformer = (AbstractSizeTransformer) rankingController.getModel().getTransformer(Ranking.NODE_ELEMENT, Transformer.RENDERABLE_SIZE);

sizeTransformer.setMinSize(3);

sizeTransformer.setMaxSize(10);

rankingController.transform(centralityRanking,sizeTransformer);

(10)预览效果配置，并呈现到Display上，添加到JFrame，进行界面话展示：

//Preview

PreviewController previewController = Lookup.getDefault().lookup(PreviewController.class);

model.getProperties().putValue(PreviewProperty.SHOW_NODE_LABELS, Boolean.TRUE);

model.getProperties().putValue(PreviewProperty.EDGE_COLOR, new EdgeColor(Color.GRAY));

model.getProperties().putValue(PreviewProperty.EDGE_THICKNESS, new Float(0.1f));

model.getProperties().putValue(PreviewProperty.NODE_LABEL_FONT, model.getProperties().getFontValue(PreviewProperty.NODE_LABEL_FONT).deriveFont(8));

previewController.refreshPreview();

//New Processing target, get the PApplet