求是科学班计算机,热学（求是科学班）.PDF

热学(求是科学班)

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第十五节分子动力学模拟

吴建澜

浙江大学物理系

2014年

分子动力学(MD)模拟

 分子动力学模拟是应用于物理、化学、生物等多个领域非常

重要的一种计算机模拟手段。

 分子动力学模拟的理论基础是经典牛顿力学定律在多粒子

(原子、分子)体系的应用。

 分子动力学模拟既可以研究非平衡的动力学过程，也可以研

究平衡态的统计规律。

初始化

时间演化

数据分析

经典力学

对于一个经典力学下的物理系统，我们可以根据牛顿力学定

律写出它的运动方程

经典力学

经验力场

经验力场(Empirical Force Field)

• describe interaction of atoms or groups

• the parameters are “empirical”, i.e. they

are dependent on others and have no

direct intrinsic meaning

Bond stretching

• Approximation of the Morse potential by an “elastic spring” – model

• Hooke’s law as reasonable approximation close to reference bond length l0

k : Force constant

l : distance

l

k  2

V(l) l l0

2

Angle Bending

• Deviation from angles from their reference angle θ often described by

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