linux非权限安装bioperl,Bioperl的简单安装

按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装Bioperl老是安不上，或者是安装上了，但不能用，上面介绍的几种方法都试了，全不行，后面自己想了个办法，就是利用cpan只对要用到的模块进行单独安装，简单适应，如果你和我碰到了同样的问题不妨试试。

0、用root用户登录，不能由于权限问题，安装不上去。

1、确定cpan能用。

>perl -MCPAN -e shell

cpan>install Bundle::CPAN

cpan>q

2、升级cpan，保证安装的模块是最新的。

>cpan

cpan>install Module::Build

cpan>o conf prefer_installer MB

cpan>o conf commit

cpan>q

3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换，计算序列长度，blast信息提取等)，中间会有些选项要求选择，一路回车采用默认的就行了。

cpan>install Bio::SeqIO

4、安装SeqFeature模块(序列特征信息的获取或解析)。

cpan>install Bio::SeqFeature

5、安装GenBank模块

cpan>install Bio::GenBank

6、安装AlignIO和AlignI模块(数据格式格式转换)。

cpan>install Bio::AlignIO

cpan>install Bio::AlignI

7、安装DNAstatistics模块(序列统计分析，进化距离计算)。

cpan>install Bio::DNAstatistics

上面是一引起常用的模块，至于其它的一些模块如果要用到就按这种方法安装就行了。

利用cpan安装的模块默认路径是当前用户的perl5/lib/perl5目录下面，如/root/perl5/lib/perl5/，如果运行perl -e “use Bio::SeqIO”还是找不到该模块的话，可以将 /当前用户/perl5/lib/perl5/下的文件拷贝到@INC目录中，如/usr/local/lib64/perl5/中，最好也将/当前用户/perl5/bin/中的文件拷贝到/usr/local/bin/perl5中，以后可在那里调用。