perl模块的安装（以Bio::SeqIO为例）

perl模块的安装

什么情况下你需要自己安装perl模块呢，就是在你执行perl脚本时出现Can’t locate Bio/SeqIO.pm in @INC(XXXX)，后面的XXXX是你执行perl -V中@INC的内容。

这时为了保证perl脚本运行成功，你就必须自行安装Bio/SeqIO.pm

这时，你会在网上看到各种安装教程，CPAN安装、手动安装等。但是，CPAN安装可能需要root权限（有对/usr/bin等目录操作，这些需要权限），所以会报错，这里我就不用了，直接手动安装。

手动安装共有perl模块

假设我安装的就是 Bio/SeqIO.pm

1. CPAN官网https://metacpan.org/，搜索 Bio::SeqIO下载安装包BioPerl-1.7.8.tar.gz

2. 上传并安装

   tar -zxvf ./BioPerl-1.7.8.tar.gz
   cd ./BioPerl-1.7.8
   perl Makefile.PL INSTALL_BASE=/home/zhaohuiyao/perl5	#指定安装目录
   make
   make install
   #安装结束，你可以进入/home/zhaohuiyao/perl5下查看安装结果，我发现我的SeqIO.pm安装到：/home/zhaohuiyao/perl5/lib/perl5/Bio/下
   #这是你需要将这个/home/zhaohuiyao/perl5/lib/perl5/添加到@INC变量中
   
   #如果你的.bashrc文件中已经有PERL5LIB这个变量了，你需要执行
   echo "export PERL5LIB=$PERL5LIB:/home/zhaohuiyao/perl5/lib/perl5" >>	/home/zhaohuiyao/.bashrc
   source /home/zhaohuiyao/.bashrc
   #或者，直接vim /home/zhaohuiyao/.bashrc文件，在变量PERL5LIB后面直接添加:/home/zhaohuiyao/perl5/lib/perl5，然后source
   
   #如果没有该变量，你则需要执行
   echo "export PERL5LIB="/home/zhaohuiyao/perl5/lib/perl5"" >>	/home/zhaohuiyao/.bashrc
   source /home/zhaohuiyao/.bashrc
   #再次执行perl -V，查看@INC的内容是否发生改变，若是没有，可以选择重新配置环境变量。这是环境变量配置错误，不是pm没有安装
   #再次执行perl脚本，则不会报错
   

手动安装软件自身的perl模块

就是配置环境变量，将软件自带的perl模块目录，添加到@INC中

1. 首先，你要拿到这个perl模块的位置（.pm文件），通常在软件目录下的/lib下
2. 然后，根据上面配置.bashrc文件即可，直到perl -V的结果中@INC添加了该perl模块的位置