linux系统python调用r语言,Python调用R语言

网络上经常看到有人问数据分析是学习Python好还是R语言好,还有一些争论Python好还是R好的文章。每次看到这样的文章我都会想到李舰和肖凯的《数据科学中的R语言》,书中一直强调,工具不分好坏,重要的是解决问题的思路,就算是简单的excel,也能应付数据分析中的大部分问题。再者Python和R本来就没有什么好对比的,一门是计算机工程语言,一门是统计语言,只有将两者结合起来,才能发挥更大的威力,不是吗,对于数据分析的人来说,难道不是两样都要掌握的吗?

rpy2是Python调用R程序的模块,旨在方便Python调用R中的相关函数,而不需要先将数据写入txt再传给R来分析,从而可以做到全流程自动化。在pandas 0.18的模块中也添加了rpy2的支持,进而更方便沟通了Python和R的数据流转,构建数据分析的生态系统。

rpy2的安装还是比较麻烦的,试了很多方法,百度了很多网页最终安装成功,做些笔记备忘。

我的安装环境是:

win7_64bit

python3.5_64位,使用的是Anaconda发行版。Anaconda发行版集成了很多Python的有用的数据分析模块,其使用界面和MATLAB很相似,用起来很方便,而且还很方便虚拟出不同版本的Python环境,对那些既想用python2.7,又想用python3.x的同学来说是很好的选择。

R使用的是Revolution R Open 3.2.3_64bit,这是Revolution R现在已经被微软收购了,改为MRO。MRO和CRAN的R没有什么区别,只是改进了多进程并行计算的性能,比原生的R确实有一定的性能提升。当然需要MRO网站上对应的数学计算库Math Library,这个在Revolution R Open的下载界面有。

1.下载并安装MRO

2.下载安装Anaconda

3.配置R的环境变量

这是比较重要的一般,很多安装失败的原因就是没有很好配置环境变量。

1. 将R目录添加至path环境变量

path:D:\Program Files\Microsoft\MRO\R-3.2.3\bin\x64;

2. 将R.dll添加至path环境变量

path:D:\Program Files\Microsoft\MRO\R-3.2.3\bin\x64\R.dll;

3. 设置R_HOME环境变量

R_HOME:D:\Program Files\Microsoft\MRO\R-3.2.3

4. 设置R_USER环境变量

R_USER:Administrator

R_USER就是你电脑的用户名,如果没有设置过用户名就是Administrator,可以通过cmd命令行输入 net user查看。

4.下载非官方版本的rpy2

为什么要下载非官方版本的rpy2我也不知道,反正我使用pip install ryp2没有成功,缺少对应的编译环境,百度出来的网页很多都是说使用非官方版本的rpy2.

下载地址是:http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2  这是python下包的专用地址

需要下载版本和平台都相对应的whl包,我下的是rpy2-2.9.4-cp36-cp36m-win_amd64.whl,然后使用 pip install rpy2-2.9.4-cp36-cp36m-win_amd64.whl安装即可。

5.python调用R

import rpy2.robjects as robjects

# 此时,有三种方法调用R对象

# 第一种

robjects.r['pi']

# 第二种

robjects.r('pi')

# 这种方法从某种程度上讲是万能的,因为可以将任意大小和长度的R代码写成一个python字符串,之后通过robjects.r('Rcode')调用执行

第三种

robjects.r.pi

# 这种方法对于名称中有“点号”的变量会出问题,比如data.frame/read.csv等,所以推荐使用第一种方法

# creat an R function

robjects.r('''

f

''')

robjects.r['f'](3)

# internal function in R

robjects.r['ls']()

# another internal function

l = robjects.r['letters']

len(l)

robjects.r['paste'](l, collapse = '-')

# an alternative way of getting 'paste' function in R

# eval the R code

coder = 'paste(%s, collapse = "-")' % (l.r_repr())

robjects.r(coder)

6.pandas调用R

7.pandas和R的函数对比

具体参考 pandas官方文档–Comparison with R / R libraries

列出了实现相同功能的pandas和R的代码,很有启发性。

同时也说明,有想法,用什么工具实现都无所谓,纠结要选python还是R确实是舍本逐末了。如果时间不够,精通其中的一门语言,另一门语言能够掌握简单的使用,也就够了。

以后有事时间再详细写写pandas调用R的部分,以它们之间数据来回传输的原理和注意事项。

我把下载的包放到了d盘的programdata

e7faf81729490df6d2841cde6fb585cf.png

python调用R语言,关联规则可视化

首先当然要配置r语言环境变量什么的 D:\R-3.5.1\bin\x64; D:\R-3.5.1\bin\x64\R.dll;D:\R-3.5.1;D:\ProgramData\Anaconda3\L ...

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