go分析和kegg分析_一些GO及KEGG分析的知识

什么是GO分析？

Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表(controlled vocabulary)来全面描述生物体中基因和基因产物的属性。GO总共有三个ontology(本体)，分别描述基因的分子功能(molecular function)、细胞组分(cellular component)、参与的生物过程(biological process)。GO的基本单位是term(词条、节点)，每个term都对应一个属性。

什么是KEGG分析？

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库是系统地分析基因功能、链接基因组信息和功能信息的数据库，包括代谢通路(pathway)数据库、分层分类数据库、基因数据库、基因组数据库等。KEGG的pathway数据库是应用最广泛的代谢通路公共数据库。

了解富集分析前，一些关于基因的概念。

每个基因都会对应一个或者多个GO term。而一般研究富集会涉及两个概念：前景基因和背景基因。1)前景基因指研究者关注的重点研究的基因集，而2)背景基因指所有的基因。比如通过实验比较实验组与对照组的转录组测序，前景基因就是对照组vs处理组的差异基因，背景基因就是这两个样本表达的全部基因。

什么是富集？

富集就是为了比较某个GO term在所关注的前景基因中的占比是否要显著高于在所有背景基因中占有的比例。而这个的证明就是通过显著性来评判。

这里作者举了一个生动的例子。

比较深圳市(前景基因)与整个广东省(背景基因)的大学生(某个GO term)的占比，即相比广东省，大学生的数量所占的比例，在深圳市是否更多。而最终求得的占比数值，则通过比较以证明显著性。

如何来计算显著性&