为什么mcgs打不开mcp文件_生信Debug为什么bcftools打不开vcf文件

最新推荐文章于 2021-05-12 12:01:36 发布

昂立中学生

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文章标签：为什么mcgs打不开mcp文件

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_35875323/article/details/113371027

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从网上下载了一个VCF文件，打算使用bcftools view查看一下基本信息，结果遇到了如下的报错[E::bcf_hdr_parse] Could not parse the header, sample line not foundFailed to open SNP.vcf.gz: could not parse header直接用less能够查看该VCF的信息，看起来也非常正常，...

摘要由CSDN通过智能技术生成

从网上下载了一个VCF文件，打算使用bcftools view查看一下基本信息，结果遇到了如下的报错

[E::bcf_hdr_parse] Could not parse the header, sample line not foundFailed to open SNP.vcf.gz: could not parse header

直接用less能够查看该VCF的信息，看起来也非常正常，除了INFO这一列的记录为为缺失

但是我发现在header中是有INFO的定义信息(如下图)

根据我的C语言的理解，它在解析数据的时候，会严格按照格式定义进行数据处

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昂立中学生

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为什么mcgs打不开mcp文件_生信Debug为什么bcftools打不开vcf文件

从网上下载了一个VCF文件，打算使用bcftools view查看一下基本信息，结果遇到了如下的报错[E::bcf_hdr_parse] Could not parse the header, sample line not foundFailed to open SNP.vcf.gz: could not parse header直接用less能够查看该VCF的信息，看起来也非常正常，...
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