R语言多层桑基图_R语言可视化(二十三):桑基图绘制

23. 桑基图绘制

清除当前环境中的变量

rm(list=ls())

设置工作目录

setwd("C:/Users/Dell/Desktop/R_Plots/23sankey/")

使用riverplot包绘制桑基图

# 安装并加载所需的R包

#install.packages("riverplot")

library(riverplot)

# 构建测序数据集

nodes

nodes

## [1] "A" "B" "C" "D" "E"

edges

B = list( C= 5 ),

C = list( D= 4 ),

E = list( C= 3 )

)

edges

## $A

## $A$C

## [1] 6

##

##

## $B

## $B$C

## [1] 5

##

##

## $C

## $C$D

## [1] 4

##

##

## $E

## $E$C

## [1] 3

# 使用makeRiver函数构造riverplot对象

r

node_xpos= c( 1,1,2,3,3 ),

node_labels= c( A= "Node A", B= "Node B", C= "Node C", D= "Node D", E= "Node E" ),

node_styles= list( A= list( col= "yellow" ), D= list( col= "blue" ), E= list( col= "red" )))

r

## $edges

## ID N1 N2 Value

## A->C A->C A C 6

## B->C B->C B C 5

## C->D C->D C D 4

## E->C E->C E C 3

##

## $nodes

## ID x labels

## A A 1 Node A

## B B 1 Node B

## C C 2 Node C

## D D 3 Node D

## E E 3 Node E

##

## $styles

## $styles$A

## $styles$A$col

## [1] "yellow"

##

##

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你好!对于R语言多层桑基图绘制,你可以使用`ggalluvial`包来实现。这个包提供了一种直观的方式来展示微生物组分类学及丰度的信息。 首先,你需要安装`ggalluvial`包。可以使用以下代码安装: ```R install.packages("ggalluvial") ``` 安装完成后,你可以加载这个包: ```R library(ggalluvial) ``` 接下来,你需要准备绘制桑基图所需的数据。通常,你需要一个数据框,其中包含了不同分类学级别的分类信息和相应的丰度值。 例如,假设你有以下示例数据: ```R data <- data.frame( Kingdom = c("Bacteria", "Bacteria", "Bacteria", "Archaea", "Archaea"), Phylum = c("Proteobacteria", "Firmicutes", "Actinobacteria", "Euryarchaeota", "Crenarchaeota"), Class = c("Alphaproteobacteria", "Clostridia", "Actinobacteria", "Methanobacteria", "Thermoprotei"), Abundance = c(0.4, 0.3, 0.1, 0.05, 0.15) ) ``` 接下来,你可以使用`ggplot`函数创建一个基础的绘图对象,并使用`geom_flow`函数来添加桑基图的流动路径: ```R ggplot(data, aes(axis1 = Kingdom, axis2 = Phylum, axis3 = Class, weight = Abundance)) + geom_flow() ``` 这将创建一个简单的桑基图,其中不同分类学级别之间的流动路径根据丰度值的权重进行调整。 你可以根据需要进一步自定义绘图,例如添加标签、调整颜色等。`ggalluvial`包提供了很多选项来自定义桑基图的外观和布局。 希望这个回答能帮到你!如果你有任何其他问题,请随时问我。

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