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原创 R 语言科研配色 --- 第 9 期

在使用 R 语言进行科研绘图时，颜色的选择是一件让人特别纠结的事情。本系列文章介绍了 R 语言科研绘图时常用的一些配色。本账号内所有原创内容，未经允许禁止转载和用于商业用途，违者必究。为了解决 R 语言科研绘图中颜色的选择问题，我推出了。为了便于使用，本系列文章介绍的所有配色都已收录到了。种常用配色的配色卡，按照配色的个数和类型排序分类（1-100 数字为配色 id，括号内数字为颜色个数。R 语言科研配色工具 --- sciRcolor。③ 一个用来获取配色的。② 一个用来预览配色的。

2024-11-04 08:05:18 97

原创 R 语言科研配色 --- 第 8 期

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2024-11-02 08:19:26 104

原创 R 语言科研配色 --- 第 7 期

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2024-10-31 08:07:19 239

原创 R 语言科研配色 --- 第 6 期

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2024-10-29 08:08:37 388

原创 R 语言科研配色 --- 第 5 期

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2024-10-27 21:05:48 258

原创 R 语言科研配色 --- 第 4 期

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2024-10-25 08:16:11 310

原创 R 语言科研配色 --- 第 3 期

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2024-10-23 08:14:33 493

原创 R 语言科研配色 --- 第 2 期

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2024-10-21 08:34:34 388

原创 R 语言科研配色 --- 第一期

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2024-10-19 23:24:11 348

原创文献阅读：一种基于艾伦脑图谱的空间表达数据可视化、空间异质性描绘和单细胞配准工具

文献介绍文献题目： AllenDigger，一种基于艾伦脑图谱的空间表达数据可视化、空间异质性描绘和单细胞配准的工具研究团队：王晓群（北京师范大学）发表时间： 2023-03-16 发表期刊： The Journal of Physical Chemistry A 影响因子： 2.9（2023年）DOI： 10.1021/acs.jpca.3c00145摘要空间转录组学可用于捕获细胞空间组织，并促进对不同生物背景的新见解，包括发育生物学、癌症和神经科学。然而，其广泛应用仍因其技术挑战和

2024-10-17 08:41:06 886

原创文献阅读：通过深度神经网络联合建模多个切片构建3D整体生物体空间图谱

文献介绍文献题目：通过深度神经网络联合建模多个切片构建3D整体生物体空间图谱研究团队：杨灿（香港科技大学）、吴若昊（香港科技大学）发表时间： 2023-10-19 发表期刊： Nature Machine Intelligence 影响因子： 23.8（2023年）DOI： 10.1038/s42256-023-00734-1摘要空间转录组学 (ST) 技术正在彻底改变探索组织空间结构的方式。目前，ST 数据分析通常仅限于单个二维 (2D) 组织切片，限制了我们理解 3D 空间中发生

2024-10-15 17:11:22 1028

原创文献阅读：对区域间皮层投射神经元命运多样性的时间控制

除了这些时间控制之外，在发育的早期阶段（包括在胚胎中），独特的和确定性的分子程序可能在。为了研究 SOX11 在出生后 ICPN 发育中的潜在作用，作者通过在胚胎期 E15.5 子宫内电穿孔结合 Cre 依赖性质粒，在 S1 的 L2/3 中特异性过表达 Sox11 基因（以 L2/3 ICPN 为目标）在 P0 的 S1 中立体定向注射腺相关病毒 AAV-pCMV-Cre（总之，作者的结果表明，在单个皮质区域内，ICPN 的不同亚型具有不同的出生后分子分化速度，随后反映在不同的环路连接和功能中。

2024-09-03 19:44:46 708

原创文献阅读：发育中皮层细胞类型和功能的视觉依赖性规范

文献介绍文献题目：发育中皮层细胞类型和功能的视觉依赖性规范研究团队： S. Lawrence Zipursky（美国加利福尼亚大学洛杉矶分校）、Karthik Shekhar（美国加利福尼亚大学洛杉矶分校）发表时间： 2022-01-20 发表期刊： Cell 影响因子： 66.8（2022年）DOI： 10.1016/j.cell.2021.12.022摘要出生后（postnatal）的经历在塑造皮质环路中的作用，虽然长期以来受到人们的重视，但在细胞类型层面却知之甚少。作者利用 sn

2024-09-03 15:34:40 1005

原创文献阅读：单细胞分辨率下人类前额皮层从妊娠到成年的基因调控动态

文献介绍文献题目：单细胞分辨率下人类前额皮层从妊娠到成年的基因调控动态研究团队： Ryan Lister（澳大利亚西澳大学）发表时间： 2022-11-10 发表期刊： Cell 影响因子： 66.8（2022年）DOI： 10.1016/j.cell.2022.09.039摘要人类大脑发育的基础是细胞和分子的重新配置，一直持续到三十岁。为了揭示协调神经成熟的细胞动力学，作者以单细胞分辨率分析了从妊娠到成年的人类前额皮层基因表达和染色质可及性。综合分析定义了每种细胞类型的动态轨迹，揭示

2024-08-28 14:30:44 682

原创文献阅读：单细胞分辨率下小鼠大脑衰老的分子和空间特征

文献介绍文献题目： Molecular and spatial signatures of mouse brain aging at single-cell resolution 研究团队：庄小威（美国哈佛大学）、Catherine Dulac（美国哈佛大学）发表时间： 2022-12-28 发表期刊： Cell 影响因子： 66.8（2022年）DOI： 10.1016/j.cell.2022.12.010摘要大脑细胞的多样性和复杂组织阻碍了对其细胞和分子结构中与年龄相关的变化的系统表

2024-08-23 16:11:13 830

原创文献阅读：揭示线虫神经系统的遗传蓝图

文献介绍文献题目： Uncovering the genetic blueprint of the C. elegans nervous system 研究团队： Albert-László Barabási（美国东北大学）发表时间： 2020-12-14 发表期刊： PNAS 影响因子： 9.4（2020年）DOI： 10.1073/pnas.2009093117摘要尽管连接组图谱和神经元遗传学取得了快速进展，但我们缺乏理论和计算工具来以可实验测试的方式揭示控制神经元布线的遗传机制。在这

2024-08-20 09:19:19 421

原创文献阅读：细胞分辨率全脑图谱的交互式框架

文献介绍文献题目： An interactive framework for whole-brain maps at cellular resolution 研究团队： Daniel Fürth（瑞典卡罗林斯卡学院）、Konstantinos Meletis（瑞典卡罗林斯卡学院）发表时间： 2017-12-04 发表期刊： Nature Neuroscience 影响因子： 19.9（2017年）DOI： 10.1038/s41593-017-0027-7摘要为了解构大脑环路的结构和功能，

2024-08-03 11:17:03 596

原创文献阅读：Cell2location 在空间转录组中绘制细粒度的细胞类型

文献介绍文献题目： Cell2location maps fine-grained cell types in spatial transcriptomics 研究团队： Omer Ali Bayraktar（英国威康桑格研究所）、Oliver Stegle（英国威康桑格研究所）发表时间： 2022-01-13 发表期刊： Nature Biotechnology 影响因子： 68.1（2022年）DOI： 10.1038/s41587-021-01139-4摘要空间转录组学技术有望解决健

2024-07-27 16:54:33 461

原创提交高通量测序处理数据到 GEO --- 操作流程

Metadata 是指有关研究、样本、方法以及对 processed data 和 raw data 文件名的引用的描述性信息。：描述信息，可选的，其他选项中没有提供的额外信息。或者，如果您提交的矩阵包含多个样品的 processed data (例如，所有 RNA-Seq 样品的 Counts.txt)，请在此处列出矩阵列名称。：必填项，UCSC或NCBI基因组构建号（例如，hg18、mm9、human NCBI genome build 36 ...），或用于 read 比对的参考序列。

2024-07-25 15:06:47 1307

原创提交高通量测序原始数据到 SRA --- 操作流程

Web 浏览器上传，通过 HTTP 或 Aspera Connect 插件，但是如果您要上传超过 10 GB 或超过 300 个文件，请勿使用 Web 浏览器 HTTP 上传。第四项要填写样本类型，比如小鼠样本，就选择 Model organism or animal，其他样本在选项中找到对应类型即可，填写完成后点击 Continue。：fasta 文件，仅当您提交针对 NCBI 组装的 BAM 文件时需要，提供比对过程中使用的自定义组装 fasta 文件的名称（例如 Mouse.fasta）。

2024-07-23 15:54:04 1156 3

原创提交高通量测序数据到 GEO --- 说明书

GEO 接受下一代测序数据，检测定量基因表达、基因调控、表观基因组学或功能基因组学的其他方面，使用 RNA-seq（包括单细胞）、miRNA-seq、ChIP-seq、RIP-seq、HiC-seq、methyl-seq 等方法。处理的数据格式和内容将取决于数据类型：RNA-seq 处理的数据可以包括感兴趣特征（protein-coding genes、lncRNA、miRNA、circRNA 等）的测序 reads 的原始和/或归一化 counts（FPKM、TPM 等）。

2024-07-22 20:12:46 1028

原创文献阅读：tidyomics 生态系统：增强组学数据分析

在 Bioconductor 中，GenomicRanges 将基因组特征组织为行中的范围（例如，基因、外显子、单核苷酸多态性 (SNP) 和 CpGs），并与列中的变量（例如，范围宽度）链接（如 BED 格式）。最近，tidy R 范式和 tidyverse 软件生态系统通过优先考虑直观的数据表示和操作而不是复杂的数据结构和语法，改变了基于 R 的数据科学。基因组学、表观基因组学、转录组学、空间分析和多组学的高通量技术彻底改变了生物医学研究，为数据操作、探索、分析、整合和解释带来了机遇和挑战。

2024-07-17 19:25:14 1125

原创文献阅读：ezSingleCell 为实验室科学家提供集成的一站式单细胞和空间组学分析平台

文献介绍文献题目： ezSingleCell: an integrated one-stop single-cell and spatial omics analysis platform for bench scientists 研究团队：陈金妙（新加坡科学技术研究局）发表时间： 2024-07-03 发表期刊： Nature Communications 影响因子： 14.7 DOI： 10.1038/s41467-024-48188-2摘要ezSingleCell 是一款交互式且易

2024-07-15 15:47:08 898

原创文献阅读：高效和稳健的 π-FISH rainbow 用于多种生物分子的多重原位检测

文献介绍文献题目： Highly efficient and robust π-FISH rainbow for multiplexed in situ detection of diverse biomolecules 研究团队：曹罡（华中农业大学）、戴金霞（华中农业大学）发表时间： 2023-01-27 发表期刊： Nature Communications 影响因子： 16.6 DOI： 10.1038/s41467-023-36137-4摘要在生物学前所未有的单细胞测序和空间多组

2024-07-12 20:52:44 1023

原创文献阅读：基于测序的空间转录组方法的系统比较

文献介绍文献题目： Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods 研究团队：田鲁亦（广州实验室）、刘晓东（西湖大学）发表时间： 2024-07-04 发表期刊： Nature Methods 影响因子： 36.1 DOI： 10.1038/s41592-024-02325-3摘要基于测序的空间转录组学（sST）的最新发展通过促进转录组规模的空间基因表达测量促进了重要进展。尽管取得了这些进展

2024-07-09 10:41:49 519

原创文献阅读：通过高通量原位成对测序实现亚细胞分辨率的空间多组学

文献介绍文献题目： Spatial multi-omics at subcellular resolution via high-throughput in situ pairwise sequencing 研究团队：曹罡（深圳理工大学）、戴金霞（华中农业大学）发表时间： 2024-05-14 发表期刊： Nature Biomedical Engineering 影响因子： 28.1 DOI： 10.1038/s41551-024-01205-7摘要空间多组学技术有助于发现细胞功能和疾

2024-07-05 16:23:40 1043

原创文献阅读：逆行病毒示踪剂之间的神经嗜性和神经毒性的差异

文献介绍文献题目： Differences in neurotropism and neurotoxicity among retrograde viral tracers 研究团队：曹罡（华中农业大学）、戴金霞（华中农业大学）发表时间： 2019-02-08 发表期刊： Molecular Neurodegeneration 影响因子： 14.9 DOI： 10.1186/s13024-019-0308-6摘要Background: 基于嗜神经病毒的示踪剂已广泛应用于神经环路的绘制和操

2024-07-02 16:08:05 603

原创文献阅读：通过双线性建模来破译神经元类型连接的遗传密码

文献介绍文献题目 Deciphering the genetic code of neuronal type connectivity through bilinear modeling 研究团队 Mu Qiao（美国加州理工学院）发表时间 2024-06-10 发表期刊 eLife 影响因子 7.7 DOI 10.7554/eLife.91532.3摘要了解不同神经元类型如何连接和交流对于解释大脑功能和行为至关重要。然而，破译决定神经元类型之间形成的特定联系的遗传基础仍然是一个艰巨的挑战

2024-06-24 09:42:02 292

原创文献阅读：SpaceX：空间转录组学的基因共表达网络估计

文献介绍「文献题目」 SpaceX: gene co-expression network estimation for spatial transcriptomics 「研究团队」 Veerabhadran Baladandayuthapani（美国密歇根大学）、Xiang Zhou（美国密歇根大学）「发表时间」 2022-09-30 「发表期刊」 Bioinformatics 「影响因子」 6.9 「DOI」 10.1093/bioinformatics/btac645摘要空间解析转录

2024-06-19 18:48:41 1090

原创 R语言绘图 --- 桑基图（Biorplot 开发日志 --- 5）

在科研数据分析中我们会重复地绘制一些图形，如果代码管理不当经常就会忘记之前绘图的代码。于是我计划开发一个 R 包（Biorplot），用来管理自己 R 语言绘图的代码。我会不定期更新生物信息学相关工具和学习资料。如果您有任何问题和建议，或者想贡献自己的代码，请在我的 GitHub 上留言。，是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，比较适用于用户流量等数据的可视化分析。注：本文为个人学习笔记，仅供大家参考学习，不得用于任何商业目的。如有侵权，请联系作者删除。函数来实现桑基图的绘制。

2024-06-04 10:54:13 834

原创 R语言绘图 --- 气泡图（Biorplot 开发日志 --- 4）

它将数据点绘制在平面坐标系中，每个数据点用一个圆圈表示，圆圈的大小通常与某个维度的数值大小相关。通过气泡图，我们可以轻松地观察到数据点在各个维度上的分布情况，从而更好地理解数据的结构和规律。在科研数据分析中我们会重复地绘制一些图形，如果代码管理不当经常就会忘记之前绘图的代码。于是我计划开发一个 R 包（Biorplot），用来管理自己 R 语言绘图的代码。如果您有任何问题和建议，或者想贡献自己的代码，请在我的 GitHub 上留言。注：本文为个人学习笔记，仅供大家参考学习，不得用于任何商业目的。

2024-06-03 10:02:42 684 1

原创文献阅读：GCNG：用于从空间转录组数据推断基因相互作用的图卷积网络

文献介绍「文献题目」 GCNG: graph convolutional networks for inferring gene interaction from spatial transcriptomics data 「研究团队」 Ziv Bar-Joseph（美国卡内基梅隆大学）「发表时间」 2020-12-10 「发表期刊」 Genome Biology 「影响因子」 10.8 「DOI」 10.1186/s13059-020-02214-w摘要大多数从表达数据推断基因间相互作用的

2024-06-02 16:07:18 792 2

原创 R语言绘图 --- 柱状图（Biorplot 开发日志 --- 3）

在科研数据分析中我们会重复地绘制一些图形，如果代码管理不当经常就会忘记之前绘图的代码。于是我计划开发一个 R 包（Biorplot），用来管理自己 R 语言绘图的代码。如果您有任何问题和建议，或者想贡献自己的代码，请在我的 GitHub 上留言。，常用于使用矩形的长度作为变量来比较两个或多个值（在不同时间或不同条件下）。它通常用于分析较小的数据集。注：本文为个人学习笔记，仅供大家参考学习，不得用于任何商业目的。函数主要继承了 *ggpubr::ggbarplot()*函数。函数来实现柱状图的绘制。

2024-06-02 09:47:04 530 1

原创 R语言绘图 --- 饼状图（Biorplot 开发日志 --- 2）

在科研数据分析中我们会重复地绘制一些图形，如果代码管理不当经常就会忘记之前绘图的代码。于是我计划开发一个 R 包（Biorplot），用来管理自己 R 语言绘图的代码。饼状图以圆形图案为基础，将数据分成不同的扇区，每个扇区的大小代表相应数据的相对大小。饼状图可以直观地展示不同数据之间的比例关系，帮助观察者快速了解数据的分布情况。如果您有任何问题和建议，或者想贡献自己的代码，请在我的 GitHub 上留言。注：本文为个人学习笔记，仅供大家参考学习，不得用于任何商业目的。函数来实现饼状图的绘制。

2024-05-31 16:52:21 680

原创 R语言绘图 --- 折线图（Biorplot 开发日志 --- 1）

在科研数据分析中我们会重复地绘制一些图形，如果代码管理不当经常就会忘记之前绘图的代码。于是我计划开发一个 R 包（Biorplot），用来管理自己 R 语言绘图的代码。，是一种通过线段连接数据点的方式来展示数据变化趋势的图表。每个数据点表示一个特定的时间点或数值，线段则反映了数据点之间的关系。如果您有任何建议，或者想贡献自己的代码，请在我的 GitHub 上留言。注：本文为个人学习笔记，仅供大家参考学习，不得用于任何商业目的。计算相关系数 R 和 P-value 的功能，并通过。函数来实现折线图的绘制。

2024-05-30 11:37:16 604

原创文献阅读：SPACEL：基于深度学习的空间转录组结构表征

文献介绍「文献题目」 SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures 「研究团队」瞿昆（中国科学技术大学）「发表时间」 2023-11-22 「发表期刊」 Nature Communications 「影响因子」 16.6 「DOI」 10.1038/s41467-023-43220-3摘要空间转录组学（ST）技术可以检测单个 cells/spots 中的 mRNA 表

2024-04-29 08:49:02 1571 2

原创文献阅读：全皮层原位测序揭示了输入依赖区域的身份

因此，wire-by-similarity 并不描述单个神经元类型的连接性，而是反映了大的大脑区域（即皮层内的区域）内的分裂在细胞类型和连接性方面如何相互关联。中圈出）与对照大脑中的相同区域保持高度相似（对照和双目摘除 VISp 的 AUROC 为 0.97 和 0.98，对照和双目摘除 VISl 的 AUROC 为 0.90 和 0.92，对照和双目摘除 VISpm 的 AUROC 为 0.88 和 0.94），表明尽管双目摘除引起了变化，但它们的 H3 类型组成仍然与其他区域高度不同。

2024-04-28 11:12:52 1010

原创 Quarto Dashboards 教程 3：Dashboard Data Display

您可以在仪表盘中使用标准 R 栅格图形（base、lattice、grid，等）创建的任何图。虽然基于 JavaScript 的绘图可以比静态绘图更好地处理调整大小以填充其容器，但它们还将基础数据直接嵌入到已发布的页面中（每个绘图一份数据集的副本），这可能会导致加载时间变慢。下面本文提供了一些在仪表盘中包含绘图的特定于语言的提示和技术，本教程只展示了 R 语言，Python 语言见官方文档。虽然您经常使用绘图和表格填充仪表盘卡片，但您也可以在仪表盘中的任何位置包含任意的 markdown 内容。

2024-04-25 10:07:14 550 5

原创 Quarto Dashboards 教程 2：Dashboard Layout

Fill 布局通常是默认布局，但对于某些类型的内容（例如 Markdown 文本），Flow 布局是默认布局。Quarto 会检查卡片内容，通常会选择最适合卡片内容的填充行为（默认情况下，卡片将填充其容器，但在特定情况下，例如简单的 markdown，卡片将选择。选项卡列中的每个单元格都成为一个选项卡，我们通过向用于生成每个选项卡的单元格添加。来帮助理解布局，但如果它们可以帮助您导航源代码，您可以使用更具描述性的标题。但是，您可以通过指定。（在接下来的两节中描述）作为在填充页面的布局中呈现内容的替代方法。

2024-04-22 11:48:42 1350 2

原创 Quarto Dashboards 教程 1：Overview

Cards 是绘图、数据显示、自由形式内容的容器。本着自己学习、分享他人的态度，分享官方文档的中文教程。向您展示如何控制 navigation bar，以及如何跨 pages、rows、columns、tabsets、cards 排列内容。涵盖如何部署静态仪表盘（仅需要 Web host，但不需要 server）和 Shiny 仪表盘（需要 Shiny Server）。然后，本文将提供有关如何开始构建您自己的仪表盘的详细说明。向您展示如何在仪表盘中以图表、表格、值框和文本的形式显示数据。

2024-04-21 21:56:58 855 2

Biorplot R package 的图片

空空如也