超级计算机 计算化学,从原子到大分子体系的计算机模拟——计算化学50年

摘要：

本文综述并修订了从20世纪50年代末至今,我们在计算化学领域所做的一些有意义的工作.序言部分把我们的工作置于当代科学的背景之下.然后我们以一种经典的基准测试体系——一种新的单粒子表象(即替代传统的原子和分子自旋轨道的化学自旋轨道)所构建的氢分子(H2)波函数——作为开始.用Hartree-Fock-Heitler-London(HF-HL)对从双原子分子到小的多原子分子进行计算所得的结果,与用传统的Hartree-Fock(HF)和Heitler-London(HL)计算的结果进行了对比;我们推断出,使用HF-HL水平的解决方案是计算量子化学的一个通用而且合理的选择.此外,我们也指出用化学自旋轨道构建的波函数,与HF-HL模型所得的波函数是等同的.除了这些计算之外,我们还对相关能,威格纳(Wigner)和库仑空穴(Coulomb Hole)泛函进行了评判性分析.上述研究工作是Hartree-Fock早期工作的继承与发展,这一时期以对原子和分子体系的先驱性计算为特征,包括基组优化,在HF和后HF(post Hartree-Fock)方法水平上的原子能量表格化以及用超级分子方法获得势能面.但是,要处理大分子体系并清楚地考察温度和时间,我们必须改用统计方法;我们回顾了用蒙特卡罗(Monte Carlo),分子动力学和朗之万(Langevin)动力学,首先针对平衡的体系,而后在非平衡的开放体系中的模拟.对把这些模型联合起来建立的全局模拟法,也进行了详细的讨论.以上所有的工作既需要计算机硬件,也需要应用于计算化学各分支的程序.本文重温了过去半个世纪中人们编写,存档,免费发布的量子化学原子和分子程序以及统计力学程序.也回顾了20世纪80年代初,我们在设计和组装并行性超级计算机架构方面所做的先驱性工作,这些工作实现了计算化学上的第一个大规模并行计算.

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