计算化学软件使用经验-超算中心
计算化学软件使用经验
计算化学软件使用经验
计计算算化化学学软软件件使使用用经经验验
张宝花
中国科学院超级计算中心
2012.11.09
提纲
� 量子化学软件
� 分子模拟软件
� Gaussian软件
� VASP软件
� MS软件——DMOL3和CASTEP
� 总结
量子化学软件
� 量子化学——应用量子化学的基本原理和方法研究化学
问题。
� 基于第一性原理,主要处理体系电子效应相关
� 分子轨道理论、价键理论、密度泛函理论
� 研究分子结构、化学反应、分子性质
� 常见量子化学软件:Gaussian、NWChem、VASP、Q-Chem、
ADF、Turbomole、Molpro、Gamess等。
� CPU IO
计算特点:对 、内存、 等需求比较大,大量的集合通信
分子模拟软件
� 分子模拟——依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动
� 基于经典牛顿方程,不考虑电子效应,应用不同的力场
� 主要处理大分子体系:动力学行为、宏观性质
NPT NVE NVT
� 考虑不同系综的计算: , , 等
� 常见的分子动力学软件:Gromacs、NAMD、 AMBER、
LAMMPS、Charmm等。
� 计算特点:对CPU和IO需求较大,大量的点到点通信。
4
Gaussian软件
5
概述
Gaussian
Gaussian
� GGaauussssiiaann是一个功能强大的量子化学综合软件包。其可执
行程序可在不同型号的大型计算机,超级计算机,工作站
和个人计算机上运行,并相应有不同的版本。
� 最新版本:G09 C01
� 特点优势:处理反应机理和过渡态、计算分子性质
� 程序设计时考虑到使用者的需要。所有的标准输入采用自
由格式和助记代号,程序自动提供输入数据的合理默认选
项,计算结果的输出中含有许多解释性的说明。程序另外
提供许多选项指令让有经验的用户更改默认的选项,并提
供用户个人程序连接Gaussian 的接口。
计算特点
� 并行策略分为节点间openmp并行和节点间的linda并
行。
� 对计算能力的需求很大,单个节点配备越多的CPU将
提供越强大的计算能力。
� 对内存要求较高(例如 , 等计算),节点内
CIS CCSD
存比较大,计算效率高。
� 在计算过程中要写出大量临时文件,I/O要求高
� 网络要求低延迟通信
7
%chk=A_I