超级计算机 计算化学,计算化学软件使用经验-超算中心.PDF

计算化学软件使用经验-超算中心

计算化学软件使用经验

计算化学软件使用经验

计计算算化化学学软软件件使使用用经经验验

张宝花

中国科学院超级计算中心

2012.11.09

提纲

� 量子化学软件

� 分子模拟软件

� Gaussian软件

� VASP软件

� MS软件——DMOL3和CASTEP

� 总结

量子化学软件

� 量子化学——应用量子化学的基本原理和方法研究化学

问题。

� 基于第一性原理，主要处理体系电子效应相关

� 分子轨道理论、价键理论、密度泛函理论

� 研究分子结构、化学反应、分子性质

� 常见量子化学软件：Gaussian、NWChem、VASP、Q-Chem、

ADF、Turbomole、Molpro、Gamess等。

� CPU IO

计算特点：对 、内存、 等需求比较大，大量的集合通信

分子模拟软件

� 分子模拟——依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动

� 基于经典牛顿方程，不考虑电子效应，应用不同的力场

� 主要处理大分子体系：动力学行为、宏观性质

NPT NVE NVT

� 考虑不同系综的计算： ， ， 等

� 常见的分子动力学软件：Gromacs、NAMD、 AMBER、

LAMMPS、Charmm等。

� 计算特点：对CPU和IO需求较大，大量的点到点通信。

4

Gaussian软件

5

概述

Gaussian

Gaussian

� GGaauussssiiaann是一个功能强大的量子化学综合软件包。其可执

行程序可在不同型号的大型计算机，超级计算机，工作站

和个人计算机上运行，并相应有不同的版本。

� 最新版本：G09 C01

� 特点优势：处理反应机理和过渡态、计算分子性质

� 程序设计时考虑到使用者的需要。所有的标准输入采用自

由格式和助记代号，程序自动提供输入数据的合理默认选

项，计算结果的输出中含有许多解释性的说明。程序另外

提供许多选项指令让有经验的用户更改默认的选项，并提

供用户个人程序连接Gaussian 的接口。

计算特点

� 并行策略分为节点间openmp并行和节点间的linda并

行。

� 对计算能力的需求很大，单个节点配备越多的CPU将

提供越强大的计算能力。

� 对内存要求较高(例如 ， 等计算)，节点内

CIS CCSD

存比较大，计算效率高。

� 在计算过程中要写出大量临时文件，I/O要求高

� 网络要求低延迟通信

7

%chk=A_I