raxml linux 使用方法,6-【FasTtree、RAxML-NG、IQtree】的安装和使用（2021.3.16更新）

初次记录时间：2021.2.5

3.12更新说明：ML建树对与模型的替代选择比较敏感，因此增加了第四部分推测最佳模型的方法：jModeltest和ProtTest。

3.16更新说明：增加了第五部分内容，IQtree可以帮助用户选择最佳的进化模型，速度也较快，有文献报道准确度比传统的RAxML高。

3.20更新说明：意外又看到一个推测最佳建树模型的软件：modeltest-ng。目前用不到，就暂时不用它了。另外，为啥我用IQtree建树，那么慢！！！

1. 系统发生树

1.1 简述

系统发生树(Phylogenetic tree)是从分子层面研究物种进化的手段，是通过构建分子树来推断物种树，并不一定是绝对的真实情况。随着越来越多物种的基因序列的获得，是一种快捷、准确的研究物种间关系的方法。构建好的系统发生树由四部分组成：根、枝、节、叶

系统发生树结构图

1.2 特点

由系统发育树推断出的进化关系，并不一定是物种间绝对的进化关系。

系统发育树的分支聚类情况，在一定程度上反映了物种间的亲缘关系。

系统发育树分支绕节点转动不会改变物种间的亲缘关系。

FastTree和RAxML均是用最大似然法构建系统发育树的工具，前者速度快，后者准确度高。

2. FastTtree

FastTtree采用的是SH检验来判断每个节点的可信度。该值的范围在0~1之间，与一般用的bootstrap值高度相关。

2.1 安装

conda install fasttree

2.2 使用

2.2.1 核酸建树

fasttree -nt >

注：核酸建树默认JC+CAT模型，可以用参数-gtr -nt切换成gtr模型

2.2.2 蛋白建树

fasttree >

注：蛋白建树默认JTT+CAT模型，还可以用LG、WAG等模型

3. RAxML-NG

3.1 安装

conda install -c bioconda raxml-ng

3.2 使用

第一步：检查比对后的序列MSA是否可以读取(MSA可以使用FASTA、PHYLIP格式)

raxml-ng --check --msa prim.phy --model GTR --prefix T1

注：这一步骤还会给出哪些序列是相同序列(推荐执行)

第二步：构建核苷酸树(模型GTR，1000次自检值抽样)

raxml-ng --all --msa prim.phy --model GTR --prefix T15 --threads 10 --bs-trees 1000

注：蛋白树可用LG模型

4. 模型的选择

目前常用的构建系统发育树的方法有：邻位归并法(Neighbor joining, NJ)、最大似然法(Maximum likelihood method, ML) 以及贝叶斯法(BI)。综合速度和准确度，ML用得较多。

ML对替代模型非常敏感，因此利用ML法构建系统发育树之前，选择合适的替代模型是必不可少的过程。(如果序列的相似度较高，每种方法和模型构建的系统发育树差别不大)

4.1 jModeltest

jModeltest用于核苷酸最佳替代模型的计算，一共有88种模型。

4.1.1 安装

从github上下载最新版本(jModelTest v2.1.10)。

4.1.2 使用

tar -zxvf jmodeltest-2.1.10.tar.gz

cd jmodeltest-2.1.10

java -jar jModelTest.jar -d -f -i -g 4 -s 11 -BIC -AIC -v -a -tr 40 -o

注：输入文件为比对之后的fasta格式文件

4.2 ProtTest

ProTest用于最佳氨基酸替代模型的计算，一共有120中模型。

4.2.1 安装

从github下载最新版本(ProtTest 3.4.2)

4.2.2 使用

1. 查看帮助信息

tar -zxvf prottest-3.4.2-20160508.tar.gz

cd prottest-3.4.2

java -jar prottest-3.4.2.jar -h

2. 模型预测

java -jar prottest-3.4.jar -i -all-distributions -F -AIC -BIC -tc 0.5 -threads 24 -o

5. IQtree

5.1 安装

conda install iqtree

5.2 使用

1. 只选择合适的模型并输出最佳的模型(类似于jModelTest)

iqtree -s example.phy -m MF -T AUTO

2. 选择合适的模型，并直接构建系统发育树(常用)

普通数量和序列大小建树：

iqtree -s example.phy -m MFP -b 1000 -T AUTO

数量较多或序列较长：

iqtree -s example.phy -m MFP -B 1000 --bnni -T AUTO

常用参数说明：

1. -s：输入序列比对文件

2. -m：模型选择，设置MFP会自动检测最佳模型并建树

2. -b：bootstrap次数

3. -B：超快速bootstrap次数，大于等于1000

4. --bnni：使用NNI优化超快速bootstrap的树，搭配-B使用

5. -T：程序运行使用的核数，可设置具体数字或者AUTO(推荐)，默认是1

6. -cmax：默认是10，如果序列很长，可以适当增加该数值