raxml linux 使用方法,6-【FasTtree、RAxML-NG、IQtree】的安装和使用（2021.3.16更新）

初次记录时间：2021.2.5

3.12更新说明：ML建树对与模型的替代选择比较敏感，因此增加了第四部分推测最佳模型的方法：jModeltest和ProtTest。

3.16更新说明：增加了第五部分内容，IQtree可以帮助用户选择最佳的进化模型，速度也较快，有文献报道准确度比传统的RAxML高。

3.20更新说明：意外又看到一个推测最佳建树模型的软件：modeltest-ng。目前用不到，就暂时不用它了。另外，为啥我用IQtree建树，那么慢！！！

1. 系统发生树

1.1 简述

系统发生树(Phylogenetic tree)是从分子层面研究物种进化的手段，是通过构建分子树来推断物种树，并不一定是绝对的真实情况。随着越来越多物种的基因序列的获得，是一种快捷、准确的研究物种间关系的方法。构建好的系统发生树由四部分组成：根、枝、节、叶

系统发生树结构图

1.2 特点

由系统发育树推断出的进化关系，并不一定是物种间绝对的进化关系。

系统发育树的分支聚类情况，在一定程度上反映了物种间的亲缘关系。

系统发育树分支绕节点转动不会改变物种间的亲缘关系。

FastTree和RAxML均是用最大似然法构建系统发育树的工具，前者速度快，后者准确度高。

2. FastTtree