tassel软件使用linux,Linux系统下TASSEL5.0的安装及使用

之前做SSR标记和简化测序都是用的桌面化的TASSEL进行运算，对于做关联分析的初学者非常简单，十分好入门。但是关于命令行的操作就要麻烦一些，但是运算起来不像GAPIT那样消耗大量的内存，下面做一些简单的示例。

1.安装

1.1 Java JDK 8.0的安装

java下载

下载地址

#下载

wget http://download.oracle.com/otn-pub/java/jdk/8u112-b15/jdk-8u112-linux-x64.rpm

#安装

rpm -ivhc jdk-8u112-linux-x64.rpm

#测试安装

java -vsrsion

#查看java版本

[root@lilibei java]# java -version

java version "1.8.0_112"

Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_112-b15)

Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.112-b15, mixed mode)

更改环境变量

vim + /etc/profile

按照如下添加

JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0

JRE_HOME=/usr/java/jdk1.8.0/jre

PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin:$JRE_HOME/bin

CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar:$JRE_HOME/lib

export JAVA_HO