语言 标签倾斜 绘图_基因组数据可视化，计算机自动绘制基因图像，R语言编写...

现在我们的DNA测序技术已经飞速发展，我们也分析出了越来越多的物种的基因组。

在这之中，对于全基因组分析，特异图 是一种新颖而重要的工具。特异图可以用直观和有效的方式来映射和可视化全基因组信息，例如基因密度，DNA甲基化分布，基因组一致性等。

但是，大多数用来基因组测定的软件程序仅适用于少数几种模型，例如人，鼠标和苍蝇，或具有有限的应用场景。越来越多的非模型物种需要测序，因此也需要比较完备的工具来测定更多生物的基因组信息。于是开发人员也做出了很多努力来开发基因测序软件，其中RIdeogram便是很厉害的基因组测序工具，据科学技术报告，RIdeogram不光可以测序，还能一键可视化基因信息，自动画出SVG图像，节省了使用者绘图的时间。

可能很多人不知道SVG是啥，这里简单介绍下。SVG是可伸缩矢量图形，它是在编程中一种用于描述二维图形的语言。SVG图形在可扩展标记语言(XML)文本文件中定义，所以人们可以轻松地使用任何文本编辑器，如记事本，或绘图软件来创建和编辑SVG图形，因此SVG的编辑并不难。

另外，RIdeogram工具也可用于显示两个或三个基因组之间的同义比较。此外，RIdeogram可以可视化双重基因组比较，例如人与小鼠之间的基因组同构性。与常染色体相比，人和小鼠X染色体之间的同义块几乎占据了每个X染色体的全部，这暗示了在真核哺乳动物谱系中X染色体的高度保守的同义关系。于是，使用RIdeogram工具可以很容易发现这种关系。

那么RLdeogrm是用什么编程语言写成的呢？

RIdeogram是用R语言编写的。R语言是广泛用于统计计算，数据分析和图形的最流行的编程语言之一。不过，R图形包不是基于任何现有的图形系统构建的，因此使用起来不太方便。

开发者使用R环境读取自定义输入文件，并在坐标系中计算图形元素的位置。接着R语言将所有元素信息按照XML格式写入文本文件，该文件用于通过SVG语言定义图形。RIdeogram的基因绘图功能也比较完善，可以满足大部分图形版本的需求，例如JPG，PNG，PDF等等各种版本的图形都可以绘出来，满足了不同使用习惯的人的需求。

使用RIdeogram可以了解基因如何在整个基因组中分布。例如，计算出蛋白质编码基因的数量，可以将其视为连续数据和500个随机选择的非编码RNA的位置，包括核糖体RNA(rRNA)，转移RNA(tRNA)和microRNA(miRNA) )，都可以将其视为离散数据。

随后RIdeogram会将基因密度信息作为重叠特征映射到图像上，并在图像旁边添加跟踪标签，并分别代表rRNA，tRNA和miRNA。可以说这是一种非常方便的工具了。

总的来讲，随着生物学和计算机科学的发展，医学界对生物基因组的测序需求越来越大，而测序的难度却非常大，因此特别需要计算机提供越来越高级的工具帮助基因测序。于是乎很多技术便应运而生，其中RIdeogram便是时代的产物，它可以进行基因测序并自动绘制图像，节省了更多的时间成本。可以说，科学改变世界，带来了更美好的前景。