菠萝西斯-CSDN博客

原创 CIBERSORT 学习笔记

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录CIBERSORT一、CIBERSORT是什么？二、计算原理2.读入数据总结CIBERSORTCIBERSORT is an analytical tool from the Alizadeh Lab developed by Newman et al. to provide an estimation of the abundances of member cell types in a mixed cell populat

2021-04-23 15:06:38 26232 23

原创 pRRophetic 通过基因表达水平预测临床化疗反应的R包

pRRophetic是明尼苏达大学PaulGeeleher, NancyCox,R.StephanieHuang做的包，主要算法是基于自己课题组2014年的发的Genome Biology。

2022-07-26 09:42:14 10848 7

原创 pheatmap 参数详解

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、参数解析二、参考例子1.基础热图前言A function to draw clustered heatmaps where one has better control over some graphical parameters such as cell size, etc.pheatmap 这个包可以认为是heatmap的加强版，基本可以一包走天下了。一、参数解析Usagepheatmap(mat, c.

2022-03-30 16:35:20 14081 2

原创 WHU服务器下载SRA数据库方案

文章目录一、你需要什么二、你要怎么做1. 准备下载索引2. wget -i list.txt注意提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考一、你需要什么177 地址下工作，一个明确的SRA。二、你要怎么做1. 准备下载索引比如SRP266461（示例）：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?.

2022-02-08 21:42:39 1285

原创 MACS bdgdiff: Differential peak detection based on paired four bedGraph files.

参考原文地址：[http://manpages.ubuntu.com/manpages/xenial/man1/macs2_bdgdiff.1.html](http://manpages.ubuntu.com/manpages/xenial/man1/macs2_bdgdiff.1.html)文章目录一、MACS bdgdiff 简介DESCRIPTION二、用法一、MACS bdgdiff 简介bdgdiff Differential peak detection based on paire.

2021-09-28 11:06:53 1804

原创从ArrayExpress数据库下载一个芯片做注释

文章目录前言二、下载芯片1.用getAE()下载2.用wget 下载二、读取芯片数据三、注释芯片数据前言最近课题需要一组支撑数据，Characterization of a Large Panel of Patient-Derived TumorXenografts Representing the Clinical Heterogeneity of Human Colorectal Cancer 里面的EMTAB-991，是基因表达的矩阵。# 首先加载必要的包library(ArrayEx

2021-09-09 16:14:41 3872 2

原创 piranha 适用于CLIP-Seq 与 RIP-Seq 的 peak caller

文章目录前言: CLIP-Seq 与 RIP-Seq一、piranha 简介二、piranha 使用1. 安装2. 说明书3. 使用方法前言: CLIP-Seq 与 RIP-Seq 简单的说，是RNA版本的ChIP-seq，CLIP-Seq 全称crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing，RIP-Seq 全称 RNA Binding Protein Immunoprecipitation and high-thro.

2021-05-24 16:31:22 2679

原创 bedtools subtract 基因区段取差集

基本概述： bedtools subtract 通俗的说，得到 A - B 的区段。如果在A中发现了B区段，就把 B 扣除，通过不同的参数，扣除的标准不一样。其中，参数 -A 可以达成 Remove features with any overlap 的效果（第四行）。使用方法：bedtools subtract [OPTIONS] -a <BED/GFF/VCF> -b <BED/GFF/VCF>或者简写成subtractBed [OPTIONS] -a <B

2021-05-13 14:36:31 5010

原创 STAR: 速度超快的 RNA-seq aligner

文章目录STAR for ENCODE TranscriptomeSTAR 的算法1. Seed search2. Clustering, stitching and scoringSTAR 的用法：构建 indexAlignmentSTAR for ENCODE TranscriptomeSTAR 全称是Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR)，直白的说，就是用后缀数组算法做转录组的比对（Spliced Transcripts == 剪.

2021-05-12 17:22:31 5971

原创搞定 conda 安装包报错问题

问题描述：conda install 报错$ conda install tophat2Collecting package metadata (current_repodata.json): doneSolving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.Collecting package metadata (repodata.json): doneSolving environm

2021-05-11 09:15:29 2582 2

原创构建index所需的参考基因组以及各种版本的注释文件

文章目录一、参考基因组1. UCSC2.读入数据二、使用步骤总结一、参考基因组Mapping or Alignment，是测序分析中重要的步骤。笼统的说，这一步骤就是把reads贴到参考基因组或转录组构建的index上的过程。那么，构建index，必不可少的就是fasta格式的参考基因组与参考转录组。UCSC，ensemble，NCBI，genecode是下载参考基因组的来源网站。（以hg38为例）1. UCSCUCSC 网址：http://genome.ucsc.edu/主页中的do.

2021-05-10 10:39:21 27342

原创 shell 环境中的报错 syntax error:unexpected end of file

项目场景：在Windows下写好了脚本，拷到linux下运行出错。解决办法：用vi编辑器打开脚本，冒号后：:set ff #在vim中查看文件的系统格式:set fileformat=unix #在vim中将系统文件格式改为unix

2021-05-08 15:55:28 149

原创 t检验和wilcoxon秩和检验判断两组数据间的显著性差异

文章目录前言一、为什么t检验和wilcoxon秩和检验要二选一？二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言所谓显著性差异，就是证明数据的差异不是偶然发生的。一、为什么t检验和wilcoxon秩和检验要二选一？示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任务而创建的。二、使用步骤1.引入库代码如下（示例）：import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltimpo..

2021-05-07 11:34:18 40293 1

原创 G4-iM Grinder 核酸非标准螺旋分析R包

文章目录前言一、G-quadruplex 是什么？二、G4-iM GrinderG4-iM Grinder算法简介操作流程前言G4-iM Grinder, a system for the localization, characterization and selection of potential G4s, i-Motifs and higher order structures. 这个包的功能很明确，就是通过序列分析潜在的核酸非标准螺旋，或者叫高级二级结构。一、G-quadruple..

2021-05-07 09:18:07 932

原创 ggsurvplot_combine R语言一张图内画多条生存曲线

library(survival)library(survminer)#age 分组画生存曲线fit <- survfit(Surv(time, status) ~ age, data = lung)summary(fit)res.cut <- surv_cutpoint(lung, time = "time", event = "status", variables = "age")summary(res.cut)res.cat

2021-04-28 23:20:29 7001 1

原创 R语言生存分析与cox模型的学习笔记

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、基础概念二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考一、基础概念示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任务而创建的。T是我们感兴趣的变量，time to death。T大

2021-04-28 19:12:33 9382 2

原创 R语言检验数据正态分布

文章目录一、正态分布二、正态分布检验1.概率密度曲线比较法2.Q-Q 图3.夏皮罗-威尔克(Shapiro-Wilk)检验法提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：例如：随着人工智能正态图、正态性检验、P-P图/Q-Q图一、正态分布正态分布（Normal distribution），也称“常态分布”，又名高斯分布（Gaussian distribution），这里不赘述了。二、正态分布检验1.概率密度曲线比较法很直观，如果一种生物它看起来像鸭子,走起来像鸭子,叫起来像鸭子,那它..

2021-04-27 14:52:33 28576 1

原创 wordcloud2 画一个“词云”

文章目录使用说明常见问题使用说明library(wordcloud2)#install.packages("wordcloud2")wordcloud2(data, size = 1, minSize = 0, gridSize = 0, fontFamily = 'Segoe UI', fontWeight = 'bold', color = 'random-dark', backgroundColor = "white", minRotation = -pi/4, m

2021-04-26 13:32:14 1672

原创 R语言按照行名称取行

一句话概括，就是用行名代替下标。> TCGA_immunity B.cells.naive B.cells.memory Plasma.cells T.cells.CD8 T.cells.CD4.naive T.cells.CD4.memory.restingTCGA-F4-6461 0.338445536 0.00000000 0.0075827970 0.019359479 0 0.15701

2021-04-25 15:54:38 12532 4

原创 RIdeogram 染色体图谱可视化R包

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录一、RIdeogram 包二、使用方法一、RIdeogram 包由Guangchuang Yu与Jinhui Chen指导，Zhaodong Hao同学出品的R包。功能一目了然，就是在染色体上直接体现某些基因的value。The R package RIdeogram allows users to build high-quality idiograms of any species of interest. It can

2021-04-25 12:50:36 7150 6

原创 Conda 下 samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0 解决办法

samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory：本质上就是samtools在执行的时候找不到lib里面的libcrypto.so.1.0.0原因分析：提示：首先看看自己小环境的lib：@hub$ ls /project/miniconda3/envs/hub/lib $ vi libcrypt

2021-04-20 10:52:36 2669

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