linux上namd使用教程,NAMD入门教程(三)[共28页].pdf

SMD 实验附加的外力造成的。因此,进行

x

原子所受的力, 是假想

弹簧的形变量。 它等于假原子的位移 vt

去 SMD 原子的位移, 其中 r 是 SMD 原子

的初始位置, 是 SMD 原子的当前位置。

来,然后根据牛顿定律计算它的运动情况。

2

使用写字板打开 common 目录下我们刚刚制作的

的内容分成几栏( column )：

10 栏数据,已在图中标注出：

(9 )位置( Occupancy )

3

4.2.1 设定固定原子( fixed atom )和SMD 原子

occupancy )一栏指定哪个原

2 、在VMD tk 中输入以下命令,固定第一个氨基酸残基的α碳：

set allatoms [atomselect top all] 4

set fixedatom [atomselect top

$fixedatom set beta 1

set fixedatom [atomselect top

1 的原子将被牵拉。设置方法仍然是在

$allatoms set occupancy 0

set smdatom [atomselect top

$smdatom set occupancy 1

0 当 pdb 文件中所有原子的 “ occupancy ”

set smdatom [atomselect top “resid 76 and name CA

common 中,然后输入：

fixed atom ),

5

图 固定原子( Fixed atom )的设置

7 、8 、9

equilibration

6

SMD 原子的矢量的方向) 。

set fixedpos [lindex [$fixedatom get {x y z}

0]