fastq质量值_转录组入门3-测序数据质量检查

目的与任务：了解fastq测序数据

需要用安装好的sratoolkit把上一节中下载好的SRA文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件检查测序文件的质量！

作业：理解测序reads，GC含量，质量值，接头，index，fastqc的全部报告，搜索中文教程，并发在论坛上面

SRA文件转换为fastq文件

用sratoolkit将NCBI上下载的sra文件转换成fastq文件，以便进行下一步的QC。该工具的安装与介绍在转录组入门1中已经有所介绍。这里我再回顾一下sratoolkit的使用：

2.查看本地帮助

从打开的页面中我们能大概了解到fastq-dump命令的基本用法。然后我在本地的CentOS上又运行了帮助命令来查看本地版的命令说明。

fastq-dump -h #显示帮助

显然，本地的帮助说明更详细一点。

先看用法：“fastq-dump [各种参数] ”其中，[各种参数]在帮助中有详细介绍，根据博主@徐洲更以及@沈梦圆的文章介绍,我们常用到的参数主要是以下两部分的：

*关于输出：

-O 指定输出路径

--gzip 指定输出格式为gzip压缩格式(fastqc软件可以直接识别gzip压缩的文件)

--bzip2 指定输出格式为bzip2压缩格式

*多个文件参数

--split-3 如果是双端测序数据，则输出两个文件，如果不是则只输