python 并行读取文件_如何在python中逐行并行读取两个文件？

我一直在努力解决这一问题,但没有成功.

我有一个“原始文件”,我们称它为“ infile”,这是我要编辑的文件.

另外,我还有另一个充当“字典”的文件,我们称它为“ inlist”.

以下是infile的示例：

PRMT6 10505 Q96LA8 HMGA1 02829 NP_665906

WDR77 14387 NP_077007 SNRPE 00548 NP_003085

NCOA3 03570 NP_858045 RELA 01241 NP_068810

ITCH 07565 Q96J02 DTX1 03991 NP_004407

和inlist：

NP_060607 Q96LA8

NP_001244066 Q96J02

NP_077007 Q9BQA1

NP_858045 Q9Y6Q9

我当前的方法是在相应的列中拆分行,并通过现有的选项卡拆分行.

目的是读取infile的每一行并检查一些内容：

>如果在inlist的第一列中找到了infile的第三列中的元素,则将该元素更改为inlist的第二列中的相应元素

>如果在inlist的第二列中找到了infile的第三列中的元素,则不执行任何操作

> infile的第5列相同

这应该检索输出：

PRMT6 10505 Q96LA8 HMGA1 02829 Q(...)

WDR77 14387 Q9BQA1 SNRPE 00548 Q(...)

NCOA3 03570 Q9Y6Q9 RELA 01241 Q(...)

ITCH 07565 Q96J02 DTX1 03991 Q(...)

注意：并非所有代码都以Q开头

我已经尝试过使用while循环,但是没有成功,我很ham愧在这里发布代码(我是编程新手,所以我不想在游戏中这么早就灰心了) .

解决此问题的最佳方法是：

for line in inlist #, infile:

inlistcolumns = line.split('\t')

infilecolumns = line.split('\t')

if inlistcolumns[0] in infilecolumns[2]:

outfile.write(str(infilecolumns[0]) "\t" str(infilecolumns[1]) "\t" str(inlistcolumns[1]) "\t" str(infilecolumns[3]) "\t" str(infilecolumns[4]) "\t" str(infilecolumns[5]) "\n")

elif inlistcolumns[0] in infilecolumns[5]:

outfile.write(str(infilecolumns[0]) "\t" str(infilecolumns[1]) "\t" str(infilecolumns[2]) "\t" str(infilecolumns[3]) "\t" str(infilecolumns[4]) "\t" str(inlistcolumns[1]) "\n")

else:

outfile.write('\t'.join(infilecolumns) '\n')

帮助将不胜感激.谢谢！

好的,在Sephallia和Jlengrand的提示下,我得到了：

for line in infile:

try:

# Read lines in the dictionary

line2 = inlist.readline()

inlistcolumns = line.split('\t')

infilecolumns = line.split('\t')

if inlistcolumns[0] in infilecolumns[2]:

outfile.write(str(infilecolumns[0]) "\t" str(infilecolumns[1]) "\t" str(inlistcolumns[1]) "\t" str(infilecolumns[3]) "\t" str(infilecolumns[4]) "\t" str(infilecolumns[5]))

elif inlistcolumns[0] in infilecolumns[5]:

outfile.write(str(infilecolumns[0]) "\t" str(infilecolumns[1]) "\t" str(infilecolumns[2]) "\t" str(infilecolumns[3]) "\t" str(infilecolumns[4]) "\t" str(inlistcolumns[1]))

else:

outfile.write('\t'.join(infilecolumns))

except IndexError:

print "End of dictionary reached. Restarting from top."

问题在于,显然if语句没有完成其工作,因为输出文件仍然等于输入文件.我做错了什么？

编辑2：

如某些人所问,完整代码如下：

import os

def replace(infilename, linename, outfilename):

# Open original file and output file

infile = open(infilename, 'rt')

inlist = open(linename, 'rt')

outfile = open(outfilename, 'wt')

# Read lines and find those to be replaced

for line in infile:

infilecolumns = line.split('\t')

line2 = inlist.readline()

inlistcolumns = line2.split('\t')

if inlistcolumns[0] in infilecolumns[2]:

outfile.write(str(infilecolumns[0]) "\t" str(infilecolumns[1]) "\t" str(inlistcolumns[1]) "\t" str(infilecolumns[3]) "\t" str(infilecolumns[4]) "\t" str(infilecolumns[5]))

elif inlistcolumns[0] in infilecolumns[5]:

outfile.write(str(infilecolumns[0]) "\t" str(infilecolumns[1]) "\t" str(infilecolumns[2]) "\t" str(infilecolumns[3]) "\t" str(infilecolumns[4]) "\t" str(inlistcolumns[1]))

outfile.write('\t'.join(infilecolumns))

# Close files

infile.close()

inlist.close()

outfile.close()

if __name__ == '__main__':

wdir = os.getcwd()

outdir = os.path.join(wdir, 'results.txt')

outname = os.path.basename(outdir)

original = raw_input("Type the name of the file to be parsed\n")

inputlist = raw_input("Type the name of the libary to be used\n")

linesdir = os.path.join(wdir, inputlist)

linesname = os.path.basename(linesdir)

indir = os.path.join(wdir, original)

inname = os.path.basename(indir)

replace(indir, linesdir, outdir)

print "Successfully applied changes.\nOriginal: %s\nLibrary: %s\nOutput:%s" % (inname, linesname, outname)

希望这可以帮助.

解决方法:

这样的东西行不通吗？

(按照您的代码段)

for line in infile: # read file 1 one line after the other

try

line2 = inlist.readline() # read a line of file 2

catch Exception:

print "End of file 2 reached"

inlistcolumns = line.split('\t')

infilecolumns = line.split('\t')

if inlistcolumns[0] in infilecolumns[2]:

outfile.write(str(infilecolumns[0]) "\t" str(infilecolumns[1]) "\t" str(inlistcolumns[1]) "\t" str(infilecolumns[3]) "\t" str(infilecolumns[4]) "\t" str(infilecolumns[5]) "\n")

elif inlistcolumns[0] in infilecolumns[5]:

outfile.write(str(infilecolumns[0]) "\t" str(infilecolumns[1]) "\t" str(infilecolumns[2]) "\t" str(infilecolumns[3]) "\t" str(infilecolumns[4]) "\t" str(inlistcolumns[1]) "\n")

else:

outfile.write('\t'.join(infilecolumns) '\n')

我真的不明白为什么不先将文件保存在内存中,然后再进行简单的模式研究.

我有适当的理由让您同时读取两个文件吗？ (文件1的第45行与文件2的第45行匹配吗？)来源：https://www.icode9.com/content-1-540451.html